文章目錄1.打開設置2.打開後粘貼最新鏡像源3.最後更新本地源 1.打開設置 cd /etc/apt/ cp sources.list sources.list.bak vi /etc/apt/sources.list 2.
你將從這裏發現一些有用的UNIX命令，它們將會是你探索下一代測序數據的有力支撐。此外，從這裏你還可以發現更多更有用的命令.直接在命令行處敲這些命令將會詳細介紹它們. clear or Ctrl-l: clear screen上下箭
我的一篇文章在線發表了，IF=4.3，影響因子不高也不低吧，只能這麼說了。 題目：Discovering Cooperative Relationships of Chromatin Modifications in Human T
環境：Ubuntu 12.04 amd64 安裝Mysql數據庫。 sudo apt-get install mysql-server mysql-client libdbd-mysql-perl libmysqlclient-dev新
文章目錄一、介紹二、預處理三、獲取細胞週期分數四、在數據縮放期間迴歸出細胞週期得分五、備用工作流程 一、介紹 前置知識：原創 Seurat 包圖文詳解 | 單細胞轉錄組(scRNA-seq)分析02 使用Seurat包來運行，主要
2019已經與我們擦肩而過，響應jimmy號召，把總結提前到這兩天寫好。一份總結，可以從多個方面入手，工作的、學習的（一般也和工作內容相關的）、生活的，主要寫下學習方面的吧！ R語言和Python學習方面 想要入門一門編程語言真的
還是接着之前的事說，首先，在researchgte網站上發現了一個小“新大陸”，說可以把不能很好拼接的數據直接N連接處理。這裏就先按軟件默認的加幾個N了，雖然拼接率有3%。。。然後，找到了直接加N的軟件，不重複造輪子，自己寫拼接腳
繼續之前未完成的筆記，前面實現了使用qiime2-dada2插件初步探索，結果以無敵的報錯失敗告終，這裏進入R包，更靈活地處理數據，下面是我的詳細步驟。 1.上次未完成的準備工作 #設置R包的工作目錄，不是R語言的，這只是個變量而
最近這波疫情，重現當年初中非典時期，甚至愈演愈烈，與之前初中時的封校住宿學習不同，已經工作的今天和太多的互聯網信息大爆炸讓我們有些焦慮，特別是，作爲學習生物的人，我們也感到無能爲力。官方媒體的科普，已經讓大家對這個病毒的具體情況有
我們知道，不管是16S等擴增子測序，還是宏基因組，最後最重要的結果，就是物種的丰度情況了，qiime2給出的16S丰度結果是一個計數，對於許多軟件來說這是可用的，那麼如果我們想獲得一個直接的百分比數據應該怎樣做呢？ 當然，有許多方
之前做了一個簡單的網頁，使用23andme格式+snp2hla軟件獲得hla分型數據，當然準確性不咋的，也就玩玩，上線後爲大約100+人提供了服務，這是伯值得驕傲的事，因爲第一次能爲大家提供服務。代碼我是放在了gitHub的，數據是腳本處
QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴來了！疫情仍在，學習的好時光呀，加油！這次更新有一些小的命令更改，已經把需要關注的重點更新突出顯示。官方提醒下一次的更新發布是QIIME 2 2020.5，請持續關注更新。 有關安裝最新的Q
最近看到生信技能樹的一篇推文在介紹nf-core這個流程管理工具，發現官方有qiime2的流程，學習一下，順便探索一下中間的坑。關於nf-core，這篇推文已經介紹的夠多了，我這裏主要學習它的搭建和使用。 一、環境搭建 首先，先進
1.導入qiime2前的準備 我簡單處理了下otu序列和表，使它們能導入qiime2，應該是一行shell代碼解決的，shell水平不行，python來頂了。 import os fout = open('otus.txt',
除了引用最多的qiime流程，u/vsearch（usearch是一人一已之力單挑學術界）和mothur（用的人越來越少的感覺），最近又發現了一兩個流程，一併分享給大家。 一、lotus:http://psbweb05.psb.u
