去，來，最終還是到蛋白質！
PPI ：protein-protein interaction
1. DIP (database of interacting proteins)
http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 在頁面點擊
Search by:[protein] [sequence] [motif] [article] [pathBLAST] 選項。如果搜索配體-受體相互作用，進入DLRP。
經實驗證實的PPI，高度可信
2. BIND (biomolecular interaction network database)
www.bind.ca，http://bond.unleashedinformatics.com/Action? 需要註冊。
3.BioGRID (database of protein and genetic interaction)
http://thebiogrid.org/ 首頁可直接search。
4. I2D
http://ophid.utoronto.ca或http://ophid.utoronto.ca/navigator/index.html
有相互作用網絡圖
這個試過，寫詳細些。例如查NF-κB，需要先查到其正式名稱，如其一個亞基爲nuclear factor NF-kappa-B，然後進入UniProt (http://www.uniprot.org), 查到accession number爲P19838（human），粘貼在搜索框即可，用名稱搜索也可，但是名稱要準確、要全稱，拿不準的話還是用accession number好些。結果用選項卡download下載，需要填寫e-mail信息，然後系統向e-mail發送鏈接，用此鏈接下載文件。文件需用網站的NAViGaTOR軟件打開，可從visualization選項卡免費下載，一般選用“For Microsoft Windows”這個版本。
5. IntAct molecular interaction database
search選項下有ontology search；尚可預測pull down的最佳誘餌蛋白；鼓勵在文獻發表之前向該數據庫直接提交PPI 信息
6. HPRD （human protein reference database）
只收錄人的PPI，來源於文獻挖掘的最大的人PPI數據庫，有PTM(翻譯後修飾)、亞細胞定位、結構域等信息。點擊query進入搜索。
有PhosphoMotif Finder ，在http://www.hprd.org/PhosphoMotif_finder。
信號通路，在NetPath，http://www.netpath.org/。
7. MINT (molecular interaction database)
http://cbm.bio.uniroma2.it/mint/index.html 或 http://mint.bio.uniroma2.it/mint/Welcome.do
主要儲存哺乳動物的PPI，包括人、大鼠、小鼠等物種。
8. PSIMAP (Prostein Structural Interactome Map)
9. STCDB （Signal Transduction Classification）
信號轉導分類信息。http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/stcdb/
尚有其他工具： Genome Comparison，alignments，Primer Design，RNA Studio，Evolutionary Relationships
RNA Studio下的工具（選）： KnotInFrame —— Prediction of -1 ribosomal frameshifts
Locomotif —— RNA motif search
paRNAss —— predict conformational switching in RNA
pKiss —— secondary structure prediction including kissing hairpin motifs
RapidShapes ，RNAhybrid， RNA Movies等。
轉載請註明: 轉自 http://gsj2605.blog.163.com