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pwd
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cd + <文件路徑>
載入PDB文件
本地：
load <filename>
網絡：
fetch <pdb id>，<object_name> #<object_name>可無
鼠標操作
| 鍵盤 | 左鍵 | 中鍵 | 右鍵 |
|---|---|---|---|
| 無 | rotate,旋轉圖像 | translate,平移 | zomm,變焦 |
| ctrl | \ | \ | 移動截面：上下拖動調整前截面，左右拖動調整後截面 |
| shift+ctrl | \ | 選定旋轉中心 | \ |
記錄命令
開始記錄：（文件拓展名爲".pml"）
log_open <file_name>.pml
結束記錄：
log_close
調用命令：
@<file_name>.pml
使用txt事先寫好的文件可通過一下兩種方式打開：
@<file_name>.txt #寫入命令爲pymol格式
run <filr_name>.txt #寫入命令爲python格式
顯示
hide <representation> #以<representation>顯示的對象消失
show <representation> #以<representation>顯示的對象出現，新的表現形式出現，但原來的表示形式不消失
< representation>：lines, sticks, cartoon, ribbons, dots, spheres, meshes, surfaces
as <representation> #最終以<representation>顯示，原有形式消失
enable <object_name> #顯示對象
disable <object_name> #消除對象顯示
選擇與變換
select <selection_name>,<selection_expression> #selection_name爲自主命名，selection_expression爲固定的表達形式，如resi, atom, chain, ss h(二級結構α螺旋), ss s(β摺疊), ss l+(其他包含loop的二級結構)等
變換命令：
zoom <selection_name\selection_expression> #以該<selection_name>命名的原子充滿視野
orient <selection_name\selection_expression> #調整對象或選擇，使其最大維度水平顯示，次最大維度垂直顯示
hide <representation>,<selection_name> #隱藏<selection_name>的<representation>表現形式
show <representation>,<selection_name> #顯現<selection_name>的<representation>表現形式
刪除選擇：
delete <selection_name>
原子計數:
count_atoms <selection_name>
刪除原子：
remove <selection_name\selection_expression>
顏色
color <color_name> #默認整個object着色
color <color_name>, <selection_expression/selection_name> #選擇的部分着色
< color_name>: white, red, blue, green, yellow, orange等
背景顏色調白：
bg_color white
視野
view <name>,<action>
< name>: 自己命名該視野的名字
< action>:
store #保存該視野
recall\無命令 #調回該視野
保存圖片
ray #給結構打光
png <file_name>
命令行快捷鍵
Tab鍵：自動補全
其他命令和幫助
help <keyword>
< keyword>: load, select等
cartoon表示
- 精確:
set cartoon_flat_sheets, 0 #禁止側鏈浮離空間，給出更精確的結構描述
- 平滑:
set cartoon_flat_sheets, 1
set cartoon_smooth_loops, 1
#開啓平滑模式使展現的肽鏈結構更簡略（大致展現出其肽鏈走向）
set cartoon_flat_sheets, 0
set cartoon_smoonth_loops, 0
#關閉平滑模式，精確反映肽鏈骨架結構
- cartoon類型
cartoon <type>,<location>
< type>: automatic, loop, rect, oval, tube,
< location>: 選擇變換的位置，如100:200
- fancy helices
set cartoon_fancy_helices,0 #關閉fancy helices
set cartoon_fancy_helices,1 #開啓