.cpp文件比必須加到工程的Source Files中，否則編譯link時候總是出錯。而加進去就沒有問題。
.h則可以不加，如果不加的話，會自動到External Dependencies中。好像所有的.h文件都不必加到Header Files文件夾下面。包括Resource.h這個頭文件，不過這個頭文件在編譯鏈接的過程中也並不加到External Dependencies裏面。還有就是Dlg.h（主對話框及子對話框）也同樣不需要加到Head Files中。
針對Source Files裏面的文件來說，.rc文件可以不用加，這樣Compile，Link也沒錯，其他的.cpp文件必須都得加上的。
總的來說一句話：
工程中包含的頭文件、庫文件，若不在當前目錄下，就會放在external Dependencies下。
Source Files 放源文件(.c、.cpp)程序的實現代碼全放在這裏
Header Files 放頭文件(.h)聲明放在這裏
Resource Files 資源文件(.rc)放圖標、圖片、菜單、文字之類的，主要用來做界面的東東一般都放這裏
External Dependencies 除上三種以外的，程序編譯時用到的文件全放這裏.
我剛查了下相關資料，告訴你它如何將某個文件（如PROTOCOL.H）添加到它的下面：
在工程目錄下再建一個目錄，比如目錄名爲additional
Project->Setting->C/c++
選擇Catalog爲Preprocessor，在Additional Include Directory 裏面加入剛纔建的目錄名
即additional就可以了，這樣在該目錄下的文件，然後你在工程中編譯程序，改頭文件就會出現在External Dependencies目錄裏面。
另外補充一點：
還可以講*.lib文件放到我們自己所建立的文件夾比如additional裏，然後再對工程進行設置，其步驟如下：
Project->Setting->Link-選擇Category爲Input，在Additional Linbrary path裏填入你所建立的文件夾即additional即可，然後對程序進行編譯程序即可找到我們的庫文件*.lib了。
這樣做的好處是可以把我們的頭文件和庫文件一起放在一個我們所建立的文件夾中，方便管理。而且頭文件中所聲明的類也不會在Workplace中的Class View中顯示出來。免得顯得亂七八糟的。
轉自：http://blog.csdn.net/yyyzlf/article/details/4419593