生物信息_SOAPalign_參數設置_例子
跑SOAPalign之前要建庫
/dir/2bwt-builder <sequence>
注：會得到一堆的<sequence>.index文件，<sequence>.index指代建庫產生的一系列文件
跑SOAPalign
例：
/dir/SOAP -D <sequence>.index -t -l 35 -v 4 -m 28 -x 481 -g 1 -p 4 –a pe_1.fq.gz -b pe_2.fq.gz -o
/outfile/pe.soap -2 /outfile/pe.single -u /outfile/pe.unmap 2>>/outfile/SOAP.log
-D <sequence>.index
接建庫以後的index，也就是處理後的ref
-t
輸出reads的id而不是輸出reads的name
-l <數字>
對於長reads的3'端有高的錯誤率，因此不能完全比對上去，優先考慮比對5'端的這麼多<數字>bp的鹼基作爲種子。如果設置
爲256，那就是用read的全長。
-v <數字>
一條reads內允許的mismatch數
-m <數字>
最小insert size的長度，針對pe的
-x <數字>
最大insert size的長度，針對pe的
-g <數字>
允許gap的數目
-p <數字>
線程數，越大越快撒
-a <pe_1.fq.gz>
接pe結果1
-b <pe_2.fq.gz>
接pe結果2
-o <pe.soap>
輸出alignment的結果
-2 <pe.single>
輸出比對上的但是不成對的結果。
-u <pe.unmap>
輸出比對不上的結果
例：
/dir/SOAP -v 5 -l 35 -s 40 -m 0 -x 500 -p 4 -r 1 -n 0 -D <sequence>.index -a pe_1.fq.gz -b pe_2.fq.gz -o
/outfile/pe.soap -2 /outfile/pe.single -u /outfile/pe.unmap
-s <數字>
最小比對上的長度
-m <數字>
最小insert size的長度，這裏設爲0
-r <數字>
數字爲1的時候repeat hits輸出隨機的一個，0就是一個都不輸出，2就是輸出全部
-n <數字>
比對前過濾含大於<數字>個N的reads