甲公司爲增值稅一般納稅人，適用增值稅稅率17%。2月底，因公司更換倉庫保管進行了財產清查。清查中發現，庫存A原材料短缺5000元，經查短缺的原材料不含運費，是由於倉庫管理員管理不善造成；盤存B原材料短缺18000元，其中含分攤的運輸費用1500元，經查是由於被盜引起的；由於遭受水災，損失產成品成本50000元，產成品成本中外購項目金額比例爲50%；6000元半成品，因設備更新無法使用，準備削價處理；到期承租經營一車間積壓產成品原值50000元，經資產評估減值至20000元。該公司想了解，上述庫存原材料、產成品毀損、半成品削價、資產評估減值等情況造成的庫存減少或減值，是否均爲非正常損失，作進項稅金轉出處理。
關於非正常損失的購進貨物及相關的應稅勞務不得抵扣問題，現行《增值稅暫行條例》第十條規定，非正常損失的購進貨物及相關的應稅勞務及非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物或者應稅勞務，不得從銷項稅額中抵扣。《增值稅暫行條例實施細則》第二十四條規定，條例第十條第（二）項所稱非正常損失，是指因管理不善造成被盜、丟失、黴爛變質的損失。
新的《增值稅暫行條例》及細則，一是增加了非正常損失的“相關的應稅勞務”不得抵扣的規定，是指與購進貨物相關的應稅勞務，如運輸費、加工修理等。二是剔除自然災害損失。原細則規定非正常損失的進項稅額不得抵扣，包括自然災害損失。三是原細則規定的“其他非正常損失”，因不夠明確，不利操作，予以刪除。
若企業發生非正常損失的購進貨物及相關應稅勞務，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。如果企業在貨物發生非正常損失之前，已將該購進貨物的增值稅進項稅額實際申報抵扣，則應當在該批貨物發生非正常損失的當期，將該批貨物的進項稅額予以轉出。
首先，企業要對損失存貨是否爲非正常損失有個正確的判斷。其次，是正確計算其涉及的不得從銷項稅額中抵扣的進項稅額。按所涉及的進項稅額的計算方式不同，非正常損失存貨可分解爲：不含運費的原材料、含運費的原材料及產成品、半成品三種典型情況。正確掌握上述兩點，處理非正常損失存貨時，就能符合稅法和企業會計制度的規定。以該企業爲例：管理不善造成丟失、被盜的損失，按照《增值稅暫行條例》規定，視爲非正常損失。上例中，企業丟失非正常損失原材料所涉及的進項稅額=5000×17%=850（元），應作進項稅額轉出。被盜非正常損失原材料所涉及的進項稅額=（18000－1500）×17%+1500÷（1－7%）×7%=2917.9（元），應作進項稅額轉出。
自然災害造成的損失不需進項稅金轉出。修訂後的細則更加體現人性化觀念，將自然災害損失從原細則規定的非常損失中刪除，不需作進項稅金轉出。假設該部分產成品是非正常損失，則應作進項稅額轉出的，是其所耗用的購進貨物或應稅勞務涉及的進項稅額，應作進項稅額轉出=60000×50%×17%=5100（元）。
削價處理產品應計銷項稅項。因設備更新無法使用，準備削價處理的半成品，不屬非正常損失範圍，應按該銷售額計算的銷項稅額減去按材料覈算的進項稅額爲應納稅額，不涉及進項稅額轉出。
資產評估減值不屬非正常損失。按《國家稅務總局關於企業改制中資產評估減值發生的流動資產損失進項稅額抵扣問題的批覆》（國稅函〔2002〕1103號）明確：《增值稅暫行條例實施細則》規定：非正常損失是指生產、經營過程中正常損耗外的損失。對於企業由於資產評估減值而發生流動資產損失，如果流動資產未丟失或損壞，只是由於市場發生變化，價格降低，價值量減少，則不屬於《增值稅暫行條例實施細則》中規定的非正常損失，不作進項稅額轉出處理。因此評估清算減值損失，不需作進項稅額轉出處理。
同時，按《企業財產損失所得稅前扣除管理辦法》規定，企業的存貨當有確鑿證據表明已形成財產損失或者已發生永久或實質性損害時，應扣除變價收入、可收回金額以及責任和保險賠款後，再確認發生的財產損失。該企業發生的上述損失，准予在申報企業所得稅時扣除。其中，存貨損失和自然災害損失，按其賬面價值扣除保險理賠和責任賠償後的餘額部分，須報經稅務機關審批後，方准予扣除。