一般多序列比對的結果都需要進行編輯再進行下一步分析。
這個推送中用於舉例操作的比對結果可以在網站下載：
http://www.tcoffee.org/dummy_aln.html
Fig.1 ClustalW / ALN格式的數據
一、MSA的數據格式
1. MSA結果的主要格式
一般多序列比對工具輸出的數據格式爲MSF（Multiple Sequence Format）或者不同工具有自己偏好的格式，但分析結果的軟件有可能只讀取FASTA格式的比對結果。這時需要重新組織數據格式，或者在MSA時選擇合適的格式輸出。
Fig. 2 EMBL-Clustal Omege可輸出的數據格式
常見的數據文本類型的格式有Clustal/ALN（Clustal默認輸出格式），FASTA（易於機器操作的格式，不包含額外的註釋信息，幾乎所有軟件支持的格式）, MSF（MSA的常見格式，易於人理解，包含額外的註釋信息，很多軟件支持但是可能導入時有部分信息丟失）, Phylip（適合進一步系統發育分析）。圖形類型的格式有post-script，PDF，HTML主要用於發表和打印。
這個網頁有更詳細的關於文件格式的介紹。
emboss.sourceforge.net/docs/themes/SequenceFormats.html
2. 格式轉換
有的網站可以實現一些格式間的轉換。
https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret/
不過需要注意格式轉換可能丟失或者搞錯的信息，比如序列的名字，序列的大小寫，以及一些特殊氨基酸殘基（X：表示不確定的氨基酸殘基）、核苷酸殘基（N：表示很多種核苷酸）可能在轉換中丟失或弄錯。需要留意一下。
二、用Geneious prime等軟件編輯MSA
1. 操作
首先下載數據，將Clustal W格式轉換爲FASTA格式，導入Geneious，結果如下。
之後就可以進行編輯，操作上很簡便。其他的編輯工具的操作也是類似的，可以對多序列中的某一條序列增減gap或者對MSA整體結果兩端進行編輯等。
2. 其他的編輯工具（部分列舉）
（1）Jalview
http://www.jalview.org/
（2）CINEMA
http://130.88.97.239/CINEMA/
（3）Seaview
http://pbil.univ-lyon1.fr/software/seaview3
三、結果分析和美化
1. Logos分析
http://weblogo.berkeley.edu/
圖中座標軸X上每個位置都是MSA的一欄，Y軸bits值越大的區域越保守。字母是該位置的氨基酸殘基，字母越大表示該位置出現它的頻率越高，並且它的logo顯示位置也是最高的。
2. Boxshade美化（黑白灰）
https://embnet.vital-it.ch/software/BOX_form.html
output format選擇RTF_new，最後美化結果是word document的格式；Fraction of sequences=0.5的意思是一半的殘基要上色；黑色表示一致，灰色表示相似。
3. 其他美化工具
（1）MView
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mview/
（2）ESPrint
http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
往期相關內容：
【陪你學·生信】五、當你有一段待分析的DNA序列（基礎操作介紹）
【陪你學·生信】六、當你有一段待分析的氨基酸序列（基礎操作介紹）