本想着寫一篇介紹論文中各種類型圖表的推送，但是着筆介紹時又覺得不如一起繪圖吧！各類學術圖表都萬變不離其宗，以圖的形式將處理後的數據展示出來（主要指的是數據展示圖，還有實驗拍攝圖和流程示意圖，這裏就不講後面的兩種了）。
如果大家想要回看這個系列的內容，可以在番茄隨筆公衆號的“好好學習”菜單→“現學現賣”欄目裏找。這個專欄主要參考《R語言·數據可視化之美·專業圖表繪製指南》（後續簡稱爲參考書），以及相關論壇、網頁的內容，和大家共同學習。
我在寫這篇的時候，還發現了自己去年挖的坑還沒填，就是【陪你學】《Next-Generation Sequencing Data Analysis》。哈哈，會慢慢填坑的。
一、學術圖表簡介
學術圖表包括數據展示圖，實驗拍攝圖和流程示意圖。
本專欄主要介紹數據展示圖。可以使用Excel，GraphPad Prisn，Origin，Python和R等繪製數據展示圖，並按照雜誌等要求的分辨率和格式導出TIFF、EPS矢量圖。
二、學術圖表作用
圖表在論文中的作用主要爲：真實、準確和全面地展示數據的本質、關係和規律。
三、學術圖表類型
圖表的分類方法多種多樣，本文根據數據着重表達的內容，將圖表分爲六大類：類別比較，數據關係，數據分佈，時間序列，局部整體和地理空間。有些圖表也可以歸類於兩種或多種圖表類型。
1. 類別比較型：這類圖表的數據一般包含數值型和類別型兩種數據類型。比如柱形圖，X軸爲類別型數據，Y軸爲數值型數據。通常用以比較數據的規模、程度、大小等。
2. 數據關係型：這類圖表又可分爲數值關係、層次關係和網絡關係。
（1）數值關係型圖表：展示兩個或多個變量之間的關係，當變量爲1-3個時，可使用散點圖，氣泡圖，曲面圖，韋恩圖（表數值和相交關係）。變量多於3個時，使用矩陣散點圖，平行座標系，徑向座標圖，星形圖和切爾諾夫臉譜圖等。
（2）層次關係型圖表：表達個體之間的層次關係，比如包含和從屬關係。包括節點鏈接圖，樹形圖，冰柱圖，旭日圖，圓填充圖，矩形樹狀圖等。
（3）網絡關係型圖表：非層次關係，它表達的數據關係更自由和複雜，比如桑基圖，和絃圖，節點鏈接圖，弧長鏈接圖，蜂箱圖等。
3. 數據分佈型：這類圖表顯示數據集中的數值及其出現的頻率或分佈規律，比如統計直方圖，箱形圖，小提琴圖，核密度曲線。一般用橫軸表示數據類型，縱軸爲分佈情況。
4. 時間序列型：強調數據隨時間的變化規律或趨勢。X軸爲時序，Y軸爲數值。比如折線圖，面積圖，雷達圖，日曆圖，柱形圖。
5. 局部整體型：可以顯示出局部組成成分與整體的佔比信息，主要包括餅圖，堆積圖，旭日圖等。
6. 地理空間型：展示數據的精確位置和地理分佈規律，比如等值區間地圖，帶散點的地圖等。
四、工具準備
1. R的下載安裝
R 可以直接下載(https://cran.r-project.org/bin/windows/base/)，或在CRAN（https://cran.r-project.org/mirrors.html）下載。按照提示安裝。
2. RStudio的下載安裝
然後安裝RStudio (https://posit.co/)，RStudio是R的集成開發環境 (IDE, Integrated Development Environment )，使得使用R變得更簡單和高效。
3. R包的安裝
安裝好了RStudio，再去安裝一些包(Package)就簡單很多，可以在界面右下找到packages→install即可。或者輸入>install.packages("ggplot2")。也可以如果安裝不成功一般是路徑問題，依賴包沒有安裝，版本不兼容或鏡像源問題。
也可以直接從Github 或BitBucket 上下載安裝包，需要使用devtools 包來完成：devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")。一般Github上會有安裝指導。
圖3. Github頁面安裝指導。https://github.com/tidyverse/ggplot2