朝鮮國王成宗的繼妃尹氏被處決時，行刑的禁軍軍官不會想到，尹氏7歲的兒子李㦕心中已經埋下仇恨的種子，把他們視爲要剷除的敵人。
徐天壽奉命行刑後在歸家路上落崖被道士救，得知自己未來的命運會掌握在三個女人手上。
14年後，尹氏之子李㦕繼位，徐天壽離開禁軍隊伍，路上從水中救起一個姑娘樸明伊。
樸明伊是宮女，陷入宮廷鬥爭，被灌下毒藥扔進水中，本以爲自己就此成爲犧牲品，幸有好友灌綠豆湯消除部分毒性，才得以在一息尚存之際獲救，並與救命恩人徐天壽結爲夫婦，生下一個聰明可愛的女兒長今。
8年後，李㦕大肆抓捕和母親被處決有關的人，徐天壽也被抓，樸明伊帶着長今進京去找好友求助，被害她的人發現，除去她滅口，樸明伊臨死前，鼓勵長今好好活下去，年幼的長今淪爲孤兒……
宮廷僕役姜德久夫婦收留長今在他們家的小酒館裏，兩年後，李㦕被同父異母的弟弟李懌取代，長今無意中幫助李懌，有機會進宮，像母親一樣成爲宮女。
在王宮中，長今既交到好朋友連生，也有了對頭今英、令路。她的聰明伶俐得到宮人們讚許，只是運氣不好，一再被針對，出紕漏，受責罰，前輩韓尚宮看重長今能幹，既嚴格要求，又時時照顧。
長今長大後，得知韓尚宮不僅是庇護她的恩人，也在母親中毒時相救，在父親入獄後繼續幫助母親，十分感動，韓尚宮得知自己重視的後輩是好友之女，感慨萬分，多年來她一直爲沒能救樸明伊內疚，好在還有機會從樸明伊的女兒身上彌補，自此韓尚宮和長今師生之誼更加親切深厚。
崔尚宮的家族在王宮中培養勢力，她和侄女今英都是家族的棋子，早早入宮，揹負家族使命捲入宮廷鬥爭。
崔氏家族一再對付韓尚宮和長今，讓她們麻煩不斷，都被她們一一化解，今英愛慕的判官閔政浩與長今真誠相愛，成爲長今的守護者，更令今英怨恨妒忌，加倍對付長今。
大王在洗過溫泉後昏迷不醒，崔尚宮進讒言聲稱韓尚宮和長今在大王的膳食鴨子中加了硫磺，韓尚宮和長今被流放濟州島，途中，韓尚宮在長今背上去世，臨死前，她像母親一樣鼓勵長今好好活下去。
到了濟州島，長今不因自己從宮女變成官婢自暴自棄，她拜首醫女張德爲師，潛心學醫，成爲醫女，再度入宮。
長今告知大王他昏迷的真正原因，得以擊破崔尚宮的陰謀，瓦解崔氏家族勢力，除去自己在宮中的勁敵。
長今的精妙醫術治好了集體食物中毒的老百姓，治好大王的母親和兒女，成爲御醫，得到衆人愛戴賞識，卻因拒絕大王的愛意，她和閔政浩得離開宮廷，過隱姓埋名的生活。
大王去世數年後，長今身份被恢復，回京與友人相見，還是選擇遠離繁華，一家三口過平靜的生活……