有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病，孕婦或正在接受其他治療的患者，均應在醫師指導下服用藿香正氣水。相比之下，藿香正氣（口服）液作爲藿香正氣水的換代產品，作爲口服藥服用時，口感更好，無刺激性，使用範圍也更廣泛。
藿香正氣水經酒浸而成，酒精濃度高達40%-50%，療效更顯著，但不適合幼兒、年老體恤、酒精過敏、同時服用頭孢類藥物的人羣或從事特殊職業（如駕駛員、運動員、高空作業者等）的人服用。
服用藿香正氣類感冒藥時，最好不喫甜食，包括水果、飲料等。因爲甜食有生溼作用，而藿香正氣類感冒藥是解溼的，兩者作用相互抵消，藥效會降低。不宜在服藥期間，同時服用滋補性中成藥。
藿香正氣水不具備預防或治療陽暑的功效，高溫中暑出現發燒、出汗、乏力症狀時，不宜服用藿香正氣類藥物，會加重病情。
在服用藿香正氣類藥物時要忌菸、酒及辛辣、生冷、油膩食物，飲食宜清淡。