1902年4月，鲁迅抵达日本，他首先进入东京的弘文学院就读，这是一所专门接纳“清国留学生”的预科学校，主要教授日语。
同样在这段时期里，梁启超、孙中山等维新、革命之士也聚集到了日本。
一时间，《新民丛报》《新小说》等宣扬新文化的报刊流行开来，大大小小的集会、讲座也在东京遍地开花。
在弘文学院学习之余，鲁迅经常去参加集会、听演讲。在活动中吸收新思想的同时，鲁迅也结识到了一批志同道合的伙伴，其中就有鲁迅的同乡、后来成为终生挚友的许寿裳。
鲁迅和许寿裳两人经常聚在一起讨论问题。据说，二人最常讨论三个问题：一是怎样才是理想的人性；二是中国人的国民性最欠缺的是什么；三是它的病根何在。
在这些革命义士、同学伙伴中，有一个人对鲁迅的影响最为深远，直到鲁迅临终前，回忆起这位前辈，还大赞他是“先哲的精神，后生的楷模”。
这个对鲁迅影响最深的人，就是章太炎先生。
早先，章太炎因参加维新运动而遭到清政府通缉，一度被捕入狱。出狱后，章太炎流亡日本。
他在日本遇到孙中山，加入了同盟会，担任同盟会机关刊物《民报》的主笔。章太炎运用自己在中国古典、印度哲学、西方哲学领域的渊博知识，倡导革命，批判康有为、梁启超等人的维新论。鲁迅经常在报刊上读到章太炎的文章。
此外，鲁迅每周日都会与好友许寿裳、钱玄同等人去民报社听章太炎的讲座，听章太炎讲授知识，评点时事。
来到日本一年后，在新思想的感召下，鲁迅剪掉了自己的辫子，决心做一名新时代的“现代人”。
不过，第二年回乡探亲时，鲁迅还是在上海买了一条假辫子，因为按照清朝的法规，男人不留辫子是要被砍头的。
从弘文学院毕业后，鲁迅本应按照清政府指定的升学方向，进入东京帝国大学工学部采矿冶金系，但他却选择了医学。
鲁迅当时的梦想是，毕业回国后，救治像父亲一样被庸医耽误的病人，如果发生战争，就去当军医，以此为民族革命做贡献。
他对医学的热情，甚至让一位原计划学习师范的朋友，改学医学专业。
鲁迅非常反感东京那些为了拿文凭而留学的中国留学生，他们会为了一张证书而兴高采烈地跳舞，会成群结队去上野赏花。
所以他决定远离喧嚣的东京，去仙台医学专门学校，潜心学医。