首先，辜鴻銘是一位通曉古今中外多種語言，能用歐洲語言熟練表達思想情感、真正具有跨民族的國際文化視野和思想資源、其思想也真正產生過國際影響的中國思想家。這不僅在近代中國思想史上是十分罕見的，在當時的中外文化思想交流史上，也是值得格外關注的現象。
其次，辜鴻銘是一位熱愛祖國、醉心儒家文化、勇於維護國家主權和民族文化尊嚴的思想家，其思想帶有某種民族主義的外在色彩，尤其是在晚清，他與西方列強及來華教會和特權西人積極抗爭的思想特徵，顯得分外突出。他幾乎一登上思想舞臺，就以銳利之筆，批評西方漢學的淺薄，漢學家的自大、對中國文化的誤解和輕視；抨擊西方在華傳教的虛僞、危害，以及傳教士的傲慢自大、蠻橫無理等行徑；他還犀利地抗議、譴責西方列強對中國的武力侵略和內政干涉，奉勸西方儘早改變對中國“無論是個人還是國際交往的態度”，不要歧視中國人和中國文化，不要侵奪中國國家主權。進而，他還奮起進行文野之辯，乃至鼓吹中國文化救西論，等等。在這一過程中，儘管辜氏曾不適當地爲清朝的落後統治進行了辯護，也存在不惜爲中國文化護短的毛病，有時甚至還可能傳揚了文化糟粕，但在那個中國備受欺凌的時代，他有關這方面的思想活動總體說來還是難能可貴、機智深刻、充滿道義力量的。1930年，法國學者弗蘭西斯·波里在《中國聖人辜鴻銘》一書自序中，曾專門提醒拒絕爲此書作序的國民黨元老李石曾說：
辜氏在某些方面滯留在陳舊過時的年代，他未能分析形勢，未能在復興中國的事業中保持先鋒地位，而是在思想運動、實際的運動中落伍。這一切，我完全承認，併爲之惋惜。然而辜氏畢竟是復興中國的奮勇先驅，早在我們這一代人以前，他就指出並譴責了“不平等條約”、治外法權，以及其他對中華祖國領土完整的侵犯。這非常好，非常好！青年們應牢記，不是嗎？
旁觀者清。弗蘭西斯·波里的上述評價不無道理。
不過，談及辜鴻銘思想的這一特點，有幾個相關問題需要在此略做辨析：
第一，是辜氏的“中國人”身份問題。近些年，有些研究辜鴻銘的學者，喜歡強調辜氏國籍身份的模糊或不確定。有的甚至還故意將其終生視爲馬來亞“華僑”。這是很錯誤的。辜氏的確出生在已淪爲英國殖民地的馬來半島之檳榔嶼，但其出生和早年生活的時代，其祖父輩並無近代國籍意識，只有強烈的認祖歸宗觀念，其父辜紫雲在他動身到歐洲留學時告誡其不要忘記自己是中國人、不要剪辮和加入基督教，可謂明證。南洋華僑出現國籍問題，已到1907年。這年《荷蘭新訂爪哇殖民籍新律》頒佈，規定凡生於荷蘭屬地的華僑皆爲荷屬殖民地籍，引起南洋華僑的強烈不滿。1909年，中國製定《大清國籍條例》，就是對這一問題的因應。但辜鴻銘早在1885年就已正式回到祖國效力，且終其一生，都以一個“中國人”爲榮，且從不曾以“華僑”自稱，更不曾自稱爲馬來亞人。也就是說，無論是在事實上還是主觀認同上，辜鴻銘的“中國人”身份都是確定無疑的。
第二，是辜氏思想中政治、文化和民族意識的矛盾問題。在晚清時，辜鴻銘反對變法和革命的落後政治立場與文化選擇是基本統一的，但進入民國後，其以遺老自居，不認同共和制的民國，又因視日本文明與中國傳統儒家文明爲一體，甚至認爲日本保留了中國儒家文明的“真傳”，故其晚年把復興真正的中國儒家文明的希望錯誤地寄託在日本身上，甚至呼籲日本必須把復興真正的中國文明作爲自己的天職。這一天真幼稚的文化幻想，太過於缺乏政治常識，最終其不免被日本侵華時期所謂“大東亞文化”建設運動所利用，從而留下了深刻的歷史教訓。這是需要加以說明的。
與上述問題相關，辜鴻銘思想中的“民族主義”色彩也值得分辨。多年前，當人們熱烈稱揚辜鴻銘的愛國情懷時，有學者就敏銳地發現，辜鴻銘其實不能算是一個“民族主義”者，他恰恰批評那種從各民族國家自身狹隘利益出發的民族主義和愛國主義，強調永恆的正義和普遍的道德。的確如此。不過，我們同時也需看到，一方面，辜鴻銘明確地批判“愛國主義”和“民族主義”，主要發生在第一次世界大戰爆發之後；另一方面，他在清末的文化思想活動，也的確主要激於一種民族的義憤，捍衛的也主要是國家的主權和民族文化的尊嚴，希求得到西方的尊重與平等的對待——這就自然凸顯了一種文化民族主義的色彩。與此同時，他的思想活動在當時西方所產生的效果，也主要是文化民族主義的。
正因爲如此，當辛亥革命爆發以後，辜氏仍然在敦促西方“非常嚴肅地反省他們對待中國及其文明的方式”。只是到第一次世界大戰爆發以後，他才真正鼓吹起中國文明救西論來。關於辜鴻銘思想的“民族主義”特色問題，學衡派鉅子吳宓在悼念辜氏之文中曾有過明確揭示，他認爲辜氏一生思想的根本，主要得之於留洋時所受卡萊爾、阿諾德、羅斯金等西方浪漫主義思想家的影響，不過回國後這一思想傾向復得到儒家經典的印證，於是兩相結合，變得更加自信和堅決。同時，辜氏的文化批評活動本身，“其中又以國家主義（愛國思想）爲之動機”。他一生的言行，“蓋皆熱烈之愛國主義所釀成者也”。吳宓還特別提醒“吾國今日愛國之士應洞察此層，勿徒以頑固譏斥辜氏”。此一觀點，當可供今人研討辜氏思想時參考。
第三，就辜鴻銘的思想邏輯和終極關懷而言，他無疑是一個文化保守主義者，一個現代西方文明的批評家，或者說一個現代性思想的反思者。總的說來，他比較推崇中西古典文明，強調中西古典文明之間的相通性，這從他關於文言白話的辯論可知。但他卻也並不認爲中國傳統文明已完美無缺，儘管他在各種隨機辯護中，曾說出一些偏激之語。許多時候，辜鴻銘都主張東西文明應該互補、融合。這是他根本超越一般民族主義者的地方。
辜鴻銘晚年在日講學時，也曾對他的文化態度問題做過非常明確的自我解釋。他表示：“因爲常常批評西洋文明，所以有人說我是個攘夷論者。其實，我既不是攘夷論者，也不是那種排外思想家。我是一個希望東西方的長處能結合在一起，從而消除東西畛域，並以此作爲今後最大奮鬥目標的人。”（見本書附錄所收其文《東西文明異同論》）不僅如此，在辜氏看來，其實世界上本來也並不存在什麼完美無缺的文明，未來的人類，需要今人從人類自身的根本需要出發，對現存的各種文明進行理性明智的“菁英”選擇和創造性綜合。這一點，從他1908年底代表“太平洋學會”給托爾斯泰八十壽辰的祝壽詞中可見一斑：
今日所謂宗教，如耶、如儒、如釋、如道，靡不有真理存乎其中，惟是瑕瑜互見，不免大醇小疵；各國講學同人，如能採其菁英，去其蕪雜，統一天下之宗教，然後會極歸極，天下一家，此真千載一時之會也。同人不敏，有厚望焉。（見本書附錄所收《辜鴻銘祝托爾斯泰八十壽辰文》）
總體說來，辜氏從文化保守主義視角出發，對儒家道德文明價值的認知和強調，對現代物質主義、機械主義和功利主義等文明弊端的嘲諷和抨擊，乃至對於中西文明的一些具體比較和認知等，多有可取之處和思想啓發價值。而他對君主制度的維護和對現代民主制度的反感，乃至於對婦女的歧視等陳腐觀念與行爲，則理當批判、不足爲訓。
第四，辜鴻銘的思想，在表達上受憤世嫉俗心態的制約，多有偏激過當之處，但他卻並不是一個沒有思想根基和文化信念的人。過於誇大其性格和心理對其思想的影響程度，以致有人將其視爲所謂“性格人”，強調他“一生只求在擡槓中取勝，無所謂道理不道理，對國事家事也無堅執之見，只求在每件事上駁翻別人”。這就言過其實了。實際上，辜鴻銘的思想特點，恰恰不在於所謂性格心理的多變，而在於其以不變應萬變，在於其對儒家文明的狂熱摯愛和終生堅守。正如筆者曾反覆申說過的那樣，他對納妾和纏足等的維護，未嘗不是一種愛屋及烏的表現。