從EPCQ FLASH啓動nios,並自動運行應用程序(以hello_world爲例)，按照bootloader(altera稱之爲boot copier)是否爲自定義的，分爲兩種方法：
一，bootloader不是自定義的，是通過nios SBT軟件自動生成的，該方法即 intel altera Embedded Design Handbook中5.2.3.4所述方法。
二，由於需要在多個應用程序之間跳轉，或者在多個應用程序之間選擇某一個鏡像啓動，因此修改bootloader的.c文件，自定義boot loader，並指定多個應用程序鏡像地址。該方法可在Embedded Design Handbook 5.3章節基礎上修改而來。
NIOS II啓動流程
上電後，硬件sof首先完成配置，將NIOS軟核CPU及其外設，還有邏輯設計IP等硬件電路在FPGA內配置完畢。隨後，跳轉到QSYS搭建過程中爲CPU指定的reset地址，執行該地址內的代碼。該地址通常存放着bootloader文件，格式爲hex。方法一中，該地址在QSYS中設置爲epcq controller (此處存疑，bootloader是存放在epcq flash中，還是存放在epcq controller ip 核的片上ROM中，看文檔似乎是在flash中，那片上ROM的作用是什麼？)。方法二中，該地址被設置爲onchip ram1(QSYS系統中添加了2個on chip ram組件)。執行bootloader時，根據bootloader的設計，bootloader程序到指定的flash地址去拷貝應用程序的鏡像，到onchip ram2，然後跳轉到onchipram2執行應用程序代碼。至於拷貝多少？拷貝到何處？應用程序的頭若干字節存放了這兩個信息。
方法一介紹（該方法尚未實驗）
1.QSYS搭建系統時，cpu reset地址指向epcq controller。上電完成sof硬件配置後，系統跳轉至epcq flash的0X1E00000地址，執行bootloader，該bootloader到緊隨其後的某flash地址，複製應用程序鏡像，到onchipram的系統地址。是否要複製到onchipram,onchipram的地址在何處，都在hello_world軟件工程的bsp editor 中 的linker script中設置。
2.最終燒錄進epcq的是jic文件，jic = rtl.sof+hex. hex = bootloader+hello_world。hex文件可在hello world工程中，選中hello world文件夾，右鍵make target->build->mem->ini_generate生成。燒錄時，sof文件地址爲0，hex文件地址爲0x1e00000e.
方法二介紹
1.qsys中添加兩個onchip ram.ram1存放運行bootloader,ram2存放運行hello world.
2.新建bootloader軟件工程，修改Embedded Design Handbook 5.3例程的源代碼advanced_boot_copoier.c，替換讀epcq函數，並將boot_image直接指定爲1，不讓程序檢驗應用程序鏡像頭。bsp linker script 中，heap text stack等均設置爲onchipram1.
3.編譯bootlaoder工程，並make target，得到幾個hex，將onchipram1.hex及相關的memini,qip,.spd,添加進quartus工程中，全編譯，生成的sof文件，包含了bootloader，會在配置硬件sof時，將boot loader初始化進onchipram1中。
4.qsys中，cpu從onchipram1 reset.
5.新建hello world工程，bsp editor linker script中，可設置的均設置爲onchip ram2。
6. nios command shell 中，將hello world.elf轉換爲hex
7.最終燒錄jic，jic = sof(with bootloader) + hex。hex僅含hello world.添加hex時，選擇relative adress(4000000)，big endian.絕對地址應爲4300000.advanced_boot_copoier.c中hello world鏡像地址也應爲0x4300000。
8燒錄jic，斷電重啓，看led燈，得知進入bootlaoder,打開nios command shell,執行nios2-terminal,串口打印bootloader的複製鏡像，跳轉等信息，並打印hello world,led燈也相應地亮滅。說明跳轉進了應用程序。(爲何不打開串口，就不自動跳轉？因爲我的bootloader中使用了printf函數庫，導致jtag uart沒有打印信息時，bootloader會停止，可以不用printf函數，改用my_jtag_write()函數，原始版本的bootloader是沒用printf函數的，或者在bootloader內取消JTAG_UART)。
9.調試方法：sof不含bootloader時，flash中可燒錄sof(without bootloader)+hello_world.hex。然後在eclipse bootloader界面，以debug方式，運行bootlaoder，使其實行拷貝，跳轉等動作，啓動helloworld應用。同樣，flash中僅正確位置(0x4300000)有hello world.hex，也可通過jtag燒錄sof(with bootloader),然後就會自動運行應用程序(或者打開串口後會執行)。