在給用戶推薦虛擬桌面時，往往會介紹到應用程序的部署、管理問題。而針對不同的提供商都有不同的解決方法：
CITRIX:
直接植入虛擬桌面OS Base Image之中（適合通用軟件類）
Citrix XenApp:應用程序動態交付
優點：
1、可動態按用戶需求交付應用，
交付方式：1、應用共享方式（佔用服務器資源）
2、脫機（流）應用方式（可選佔用客戶端、服務器資源,其實還是依賴OS層）
3、VM模式（把應用安裝於VMs之上，並把桌面交付，類似虛擬桌面，從來沒有用過此方案）
2、可保證數據高安全性
3、保證應用程序與後端服務器高速連接
4、跨平臺訪問支持
不足之處：
1、服務器資源成本提高（物理、虛擬服務器）
2、管理及維護成本提高
3、依賴於終端服務，且許可及軟件本身成本
4、部署、管理複雜度較高
5、某些特殊應用程序支持有限
VMWARE：
直接植入虛擬桌面OS Base Image之中（適合通用軟件類）
VMware ThinApp:應用程序動態交付
優點：
1、可動態按用戶需求交付應用
交付方式：1、脫機、完全與OS隔離（流）應用方式，僅佔用客戶端資源。
2、可保證數據高安全性（藉助虛擬桌面數據安全控制）
3、保證應用程序與後端服務器高速連接（藉助虛擬桌面與後端服務器的高速連接）
4、跨平臺訪問支持（藉助虛擬桌面對客戶端平臺的支持）
5、易部署及管理
6、無需額外高配服務器資源
7、無需終端服務許可及軟件本身成本
8、可把打包好應用程序運行在USB存儲之上
不足之處：
1、某些特殊應用程序支持有限