圖形化開放式生信分析系統開發 - 4 生信分析流程圖形化設計

前文鏈接：

• 圖形化開放式生信分析系統開發 - 1 需求分析及技術實現
• 圖形化開放式生信分析系統開發 - 2 樣本信息處理
• 圖形化開放式生信分析系統開發 - 3 生信分析流程的進化

在上文圖形化開放式生信分析系統開發 - 3 生信分析pipeline的進化 討論了生信分析流程的進化，從手動到自動，但仍然停留在終端命令行階段，爲了讓更多非生信專業的人能夠使用，就要想辦法實現生信分析pipeline的圖形化：提供能夠快速上手的UI，簡單點擊鼠標就能夠運行的圖形化系統。

核心功能：pipeline的圖形化工作流設計器

變量處理：要實現pipeline圖形設計器，首先要先對用到的變量，做統一的設計。

1. 變量的分類： 根據實際經驗，pipeline變量用到根據用途可以分爲以下幾類：

1. 分析數據目錄${data} 分析過程輸出目錄${result}
2. 分析用到的軟件 bwa ${tools.bwa};samtools ${tools.samtools}
3. 分析流程中用的reference文件以及數據庫，如 hg19.fa ${ref.hg19}
4. 分析流程中，用到的cutoff值. 如 cnv的cutoff值 ${cutoff.cnv}
5. 分析流程運行時配置的資源，如 線程數 ${threads} 分配內存大小${mem}

2. 變量值的類型：

1. 字符：通用的格式，比較寬鬆
2. 程序：校驗變量值時，判斷文件是否存在，是否有可執行權限
3. 文件：校驗變量值時，判斷文件是否存在，是否有讀寫權限
4. 目錄：校驗變量時，判斷目錄是否存在，是否有讀寫權限
5. 數值：校驗變量時，判斷是否爲數值格式

最終設計數據好數據結構，做好增刪改查功能，UI如下：

分析步驟/節點設計：前文提到，生信分析pipeline其實就是基於文件輸入輸出的工作流，這裏對工作流做了簡化，歸納起來工作流中有4種節點。

1. Input節點，提供pipeline的起始輸入文件
   
   
2. Output節點，獲取pipeline的最終輸出文件
   
   
3. Task節點，輸入文件，運行分析過程，輸出分析過程運行結果
   
   
4. Database節點，部分pipeline運行結果，需要將輸出文件保存至系統數據庫中
   
   

工作流設計： 最後，有了變量，和節點，最後就是工作流的設計了。用連接線，將以上4中節點連接起來，計算相互之間的依賴關係，用統一的格式保存起來。

設計器功能增強：

1. 當分析節點沒有相互連接時候，要提示錯誤
   
2. 修正Start的錯誤後，重新驗證狀態時：
   
3. 在Task任務中選擇Start輸入的文件，並填寫好輸出文件後：保存時提示，沒有運行的命令：
   
   
4. 在Task中輸入運行的命令，可以看到：變量提供了語法着色顯示，防止輸錯
   
5. 最終滿足校驗要求後，工作流是這樣的：
   

最後上一張，完成了的工作流設計器：

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