圖形化開放式生信分析系統開發 - 6 生信分析流程批量運行與過程控制

前文鏈接：

圖形化開放式生信分析系統開發 - 1 需求分析及技術實現

圖形化開放式生信分析系統開發 - 2 樣本信息處理

圖形化開放式生信分析系統開發 - 3 生信分析流程的進化

圖形化開放式生信分析系統開發 - 4 生信分析流程的圖形化

圖形化開放式生信分析系統開發 - 5 生信分析流程服務器端運行

在上文圖形化開放式生信分析系統開發 - 5 生信分析流程服務器端運行 解決了設計好的流程在分析服務器上運行的問題，隨之而來就衍生出的新需求：

一、分析流程的批量運行順序

流程輸入文件是按照樣本編號來匹配運行的，運行順序就取決於樣本信息

1. 樣本優先級：此處設計樣本錄入時候，輸入優先級字段範圍1-9，數字越大優先級越高
2. 樣本順序：樣本默認按照錄入的時間先後排序，相同優先級的樣本數據，按照錄入先後順序排序運行

二、分析流程的過程控制

1. 強制停止：開始分析流程之後，可以在任意時間停止分析過程
2. 錯誤恢復運行：分析流程運行錯誤，再次運行，可以選擇從錯誤處恢復運行
3. 調試恢復運行：分析結束，修改pipeline參數後，可以選擇從任意一點開始重新分析（應用修改後的參數）
4. 覆蓋運行：分析錯誤或者正常結束後，重新從頭開始運行整個分析流程，並覆蓋之前的分析結果

技術實現：

一、分析流程的批量運行順序

依賴於樣本的優先級和輸入的順序先後，每次從數據庫取出未完成分析的樣本列表，按照優先級從高到低，樣本輸入先後順序排序。

每次列表中取最上面一個，去指定目錄裏匹配輸入文件，如果輸入文件符合匹配要求，立即啓動pipeline，開始流程分析。同時更新該樣本狀態爲正在分析，這樣下次排序時候就不會重複獲取該樣本了。

其實就是一個帶有優先級參數的先進先出的堆棧

二、分析流程的控制

前文描述瞭如何將設計好的pipeline運行於服務器，如果要監控整個運行過程，就需要創建一個守護線程，如果用戶操作停止分析，這時候守護進程就要終止運行進程，然後報錯並返回。

同時，這個守護線程，要負有和前端通信，統計每個分析任務的運行時間，檢查分析任務輸出是否符合要求等等。

實現效果圖：

• 樣本優先級
  
  

• 強制停止
  
  

• 錯誤恢復運行
  
  

• 調試恢復運行

• 覆蓋運行
  

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