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在上文圖形化開放式生信分析系統開發 - 4 生信分析流程的圖形化設計 討論了生信分析pipeline的圖形化，如何用圖形的方式顯示生信pipeline，但是pipeline腳本按照變量的形式保存之後，如何運行，在什麼環境下運行？是本文要解決的問題。
運行方式：本地 VS 遠程
1. 本地模式：
- 優勢：容易實現，運行效率高，不依賴網絡
- 劣勢：限制了軟件的適用範圍，本機性能就決定了分析性能，不易擴展，限於運算量較低的業務。
2. 遠程模式：
- 優勢：便於擴展，部署方便。本程序作爲控制端，可以和分析端部署在一臺機器，也可以通過聯網方式連接。這樣就可以把控制端單獨部署，控制一個服務器集合>從單臺到簡單的集羣
- 劣勢：增加了編程複雜度；需要編程實現與服務器端的交互，並保持長連接，時刻保持通信。分析過程狀態、服務器運行狀態，需要由服務器端推送到用戶端。
綜合考慮，結合軟件設計目標，這裏選擇遠程模式
運行服務器節點：
-
服務器節點信息：
經常手動分析腳本的朋友大家的習慣可能是，ssh遠程登錄Linux服務器，在shell控制檯輸入各種腳本，軟件。這裏首先要解決的就是服務器信息的保存，操作。根據日常習慣歸納實現後，上圖：
- 首先這裏實現了，服務器賬戶信息的管理，賬戶、主機名、端口、密鑰、密碼，這些信息爲了保證安全，需要二次加密，不能將密碼明文保存在數據庫中，一旦泄漏危害巨大
針對分析流程，按照約定定義了兩個變量：
${data}數據輸入目錄，${result}輸出目錄考慮到並行運算，這裏設置了該賬戶可以並行運行的任務數量，已經連續運行任務的最小時間間隔。
前文中，針對pipeline裏的變量，每個服務器賬戶對應一組變量，彼此獨立，互相隔離。
針對服務器狀態，提供狀態按鈕來驗證是否符合要求。網絡狀態、變量值是否符合要求
Web終端特殊情況下，可以點擊終端按鈕直接打開shell，手動操作，見下圖:
運行的方式：
之前系統設計時所做的準備：
- 通過圖形化設計之後獲得的pipeline腳本
- 對應於服務器賬戶信息中的變量
- 錄入系統的樣本信息：樣本編號，
${sn}Run ID${runId}等等
通過將保存的shell腳本，將腳本變量用以上信息替換爲實際需要運行的腳本，通過遠程連接發送指令在服務器上運行
運行的過程：狀態監控，結果的判斷
- 發送完腳本，服務器端運行狀態需要和控制端保持連接，監控運行狀態，獲取運行輸出。
- 運行完成後服務器端推送信息到控制端，判斷是否符合要求，輸出文件是否存在
- 運行失敗後服務器端推送信息到控制端，顯示錯誤信息，錯誤日誌，便於生信開發人員查找錯誤
- 統計每一個分析步驟的運行時間，便於統計分析
運行的結果：
-
如果需要獲取分析結果文件的，這時候需要將該文件下載至本系統指定目錄中。
-
如果需要將分析結果vcf，csv等格式文件保存於數據庫，按照前文中，pipeline圖形化中設計格式，讀取文件保存於系統數據庫中。
收集標準化的數據，累積數據，爲以後數據挖掘，迴歸分析做好準備
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