1.Seqtk--fasta/fastq文件處理工具

sudo apt install seqtk
seqtk
Usage:   seqtk <command> <arguments>
Version: 1.2-r94

Command: seq       common transformation of FASTA/Q // 常用格式轉換FASTA/Q
         comp      get the nucleotide composition of FASTA/Q // 獲得FASTA/Q的核苷酸組成
         sample    subsample sequences	//	子樣本序列
         subseq    extract subsequences from FASTA/Q //	從FASTA/Q中提取子序列
         fqchk     fastq QC (base/quality summary) //	FASQ QC(基本/質量摘要)
         mergepe   interleave two PE FASTA/Q files //疊合兩個 PE FASTA/Q 文件
         trimfq    trim FASTQ using the Phred algorithm //使用Phred 算法修剪 FASTQ 文件

         hety      regional heterozygosity // 區域雜合性 
         gc        identify high- or low-GC regions // 識別高的或者低的GC區域
         mutfa     point mutate FASTA at specified positions // 在指定位置突變 FASTA 文件
         mergefa   merge two FASTA/Q files // 融合兩個FASTA/Q 文件
         famask    apply a X-coded FASTA to a source FASTA //將X-coded FASTA 應用到源FASTA上
         dropse    drop unpaired from interleaved PE FASTA/Q //從疊合的PE FASA/Q中刪除未成對
         rename    rename sequence names // 重命名序列名稱
         randbase  choose a random base from hets // 從HETS中隨機選擇鹼基 
         cutN      cut sequence at long N //切割序列
         listhet   extract the position of each het //抓取每一個het的位子
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