1.高通量測序:
高通量測序技術的應用
轉錄組測序(RNA-Seq):研究細胞表現和功能;
甲基化測序:表觀遺傳學標記信息;
外顯子組測序(Exome-Seq):研究定向富集的DNA;
染色質免疫沉澱-深度測序(ChIP-seq);
基因組測序;
數字基因表達譜分析;
序列捕獲(Sequence Capture)技術:結合了芯片和深度測序, 利用芯片探針捕獲待測片段, 再用深度測序技術分析核酸序列。
FASTQ格式說明
illumina下fastq文件命名
FASTQ文件在Illumina下通常會被命名爲
SampleName_S1_L001_R1_001.fastq.gz
比如 NTC_S11_L001_R1_001.fastq.gz
其被下劃線_分爲了五個部分:
第一部分:SampleName,樣本名,與上機時在Sample Sheet中填寫的一致
第二部分:S1,S***,S後跟的數字與樣本在Sample Sheet中的順序一致,從1開始。不能分配到確定樣本的read會歸到S0(Undetermined_S0)
第三部分:L00*,泳道lane的編號
第四部分:R*,R1表示read1,R2表示read2。R1和R2爲paired end reads。同一個樣本的配對的FASTQ,只有這個地方不同
第五部分:001,通常爲001
參考:
高通量測序:https://baijiahao.baidu.com/s?id=1612934763948082306&wfr=spider&for=pc