生信分析01 名詞掃盲

1.高通量測序:

高通量測序技術的應用

轉錄組測序(RNA-Seq):研究細胞表現和功能;

甲基化測序:表觀遺傳學標記信息;

外顯子組測序(Exome-Seq):研究定向富集的DNA;

染色質免疫沉澱-深度測序(ChIP-seq);

基因組測序;

數字基因表達譜分析;

序列捕獲(Sequence Capture)技術:結合了芯片和深度測序, 利用芯片探針捕獲待測片段, 再用深度測序技術分析核酸序列。

FASTQ格式說明

illumina下fastq文件命名

FASTQ文件在Illumina下通常會被命名爲
SampleName_S1_L001_R1_001.fastq.gz
比如 NTC_S11_L001_R1_001.fastq.gz
其被下劃線_分爲了五個部分:
第一部分:SampleName,樣本名,與上機時在Sample Sheet中填寫的一致
第二部分:S1,S***,S後跟的數字與樣本在Sample Sheet中的順序一致,從1開始。不能分配到確定樣本的read會歸到S0(Undetermined_S0)
第三部分:L00*,泳道lane的編號
第四部分:R*,R1表示read1,R2表示read2。R1和R2爲paired end reads。同一個樣本的配對的FASTQ,只有這個地方不同
第五部分:001,通常爲001

 

參考:

高通量測序:https://baijiahao.baidu.com/s?id=1612934763948082306&wfr=spider&for=pc

fastq:https://www.jianshu.com/p/a234decbe4f6

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