這次疫情，我本來不想講科普。畢竟我不研究冠狀病毒，而這方面專家和醫生的科普都很多。但前幾天看到所謂“新冠病毒不太可能是自然進化的”的傳言，論據無比扯蛋，居然還有自媒體煞有介事地解讀，廣爲流傳。我真的是氣到發抖，忍不住臨時寫了這篇。
事情發生在1月31日，一羣印度科學家上傳了一篇論文，標題是《Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag》，大白話翻譯過來就是：
新型冠狀病毒（2019-nCoV）的刺突蛋白裏有幾段獨特的插入序列，這些序列和人的艾滋病病毒HIV1裏的兩個蛋白質gp120和Gag序列很像，而且這種相似性一般不太可能發生！！！
大新聞吧？刺不刺激？！
但是，注意了，我前面說的是“上傳”了一篇論文，而不是“發表”了一篇論文，因爲這篇論文是被放在生物類論文預印本網站bioRxiv上的，而這個網站，誰都可以上傳論文！！！
是的，你沒有看錯。不要求數據真實，不要求試驗嚴謹，不要邏輯嚴密，不要求同行評審，什麼都不要求，只要有還沒正式發表的生物類論文，就可以往這個網站上放！
bioRxiv這個網站，本來是用來給科學家們儲存還未正式發表的論文草稿（行話叫“預印本”）的。因爲科研論文的發表要經過嚴格的同行評審，時間可能很長。這麼一拖，有時候就有其他人做出了類似的研究，最後算起成果來，難免會有些糾紛。而有了bioRxiv，大家就可以在第一時間把論文草稿上傳，最後算起發現的先後，也有個客觀的依據。
所以，這個網站本質目的就是保存一個科學發現的時間點。至於這個發現本身是真是假，靠不靠譜，是之後論文發表的同行評審來評價的，不是bioRxiv這種網站的要求。
今天我上bioRxiv，看到它上面也特地出了醒目的提醒：
所以說，這篇廣爲流傳的論文，壓根就沒有正式發表，並不一定可靠。更要命的是，它的結論也有明顯的漏洞，根本站不住腳！
它裏面的主要論點，就是找了新型冠狀病毒蛋白質裏的4段序列，去數據庫比對了一下，然後說：這4段序列在其它冠狀病毒裏都沒有，卻在人艾滋病病毒HIV1裏有高度相似的序列。
出於嚴謹，我自己也去數據庫比對了一下這4段序列。下面是我檢索時用的一些信息，供專業的小夥伴指正探討，不感興趣的小夥伴可以略過：
NCBI Standard Protein BLAST
數據庫選擇：非冗餘蛋白質數據庫，non-redundant protein sequence (nr)
生物：病毒，viruses（taxid: 10239）
比對算法：blastp
下面是我比對的結果。那篇論文裏一共提到了4段序列，我一個個地說，保證解釋清楚。
第1段序列：
這段序列有6個氨基酸長，下面的圖裏面是比對結果，按照相似度從上往下排列：
除了新型冠狀病毒本身，相似度最高的確實是HIV1。但其實仔細看的話，下面的其它病毒相似度也很高，右邊的各項分數都和HIV1是一樣的。
這裏標出的兩個其它病毒是鏈球菌噬菌體，一種感染細菌的病毒，其實後面還有更多其它病毒，因爲截圖大小關係沒有截進來。這說明什麼？說明這個序列在多種病毒裏都廣泛存在，在HIV1裏有，壓根不足爲奇。
另外，這裏HIV1的相似序列看着好像特別多，但其實只是多個不同毒株裏的同一個蛋白質。不同毒株的區別，大概就像重慶人和四川人，略有區別但相差不大，只是在數據庫裏會分開列出來。HIV1被研究得很多，分離出來的不同毒株也多。所以雖然看着多，但並不能說明什麼。
第2段序列：
這段序列也是6個氨基酸，還是按照相似度從上往下排列：
這第2段序列，除了新型冠狀病毒以外，還在蝙蝠冠狀病毒裏存在，序列完全一樣。什麼？那篇論文裏不是說在其它冠狀病毒裏沒有的嗎？我就想問，臉疼不？！
HIV1當然也有，屈尊第4。後面一大堆其它各種病毒，序列相似度都是100%。再次說明：這段序列在各類病毒裏都可以找到，HIV1裏有不稀奇！
第3段序列：
這段序列是最長的一段，有12個氨基酸，依然按相似度從上往下排列：
和上一個類似，比對出來，除了新型冠狀病毒，最相似的其實是蝙蝠冠狀病毒！
HIV1呢？不好意思，截圖裏沒有！
我往下拉到第97個病毒，終於找到了HIV1，相似度只有60%：
放着那麼多有100%一致序列的病毒不提，偏偏來說HIV1這個只有60%相似的，我很好奇那篇論文到底想幹嘛？
第4段序列：
有段序列有8個氨基酸，咱們還是按相似度從上往下排列：
HIV1這次倒是榜上有名，不過只排第11位，相似度只有87.5%。前面好幾個其它病毒，序列相似度都是100%。
還是那句話：放着有100%相同序列的病毒不提，偏偏那HIV這個不足100%的來說事兒，到底是什麼居心？！
好了，4段序列咱們都比較完了，總結一下：
1. 這4段序列都在很多病毒裏面有，並不是HIV1特有的。而且，對於部分序列（3和4），有很多病毒都比HIV1相似性高得多。
2. 序列2和3在蝙蝠冠狀病毒中也存在，並不是在新型冠狀病毒2019-nCoV裏突然出現的。
3. 綜合上述信息，新型冠狀病毒有可能是由蝙蝠冠狀病毒演化而來。 由這幾段序列得出“人造”或者“實驗室改造”的結論，不僅不合理，還非常不負責任。
最後，關於這篇漏洞百出的論文，最新的消息是：作者已經表示自願撤稿，回去修改。
我想，我們也已經大概清楚，這篇所謂的“論文”，究竟是怎麼回事了。
PS：
其實bioRxiv上的那篇論文剛上線的時候，國內並沒有那麼多人注意，我只從幾個學術圈的朋友那裏聽說了一些相關探討。真正引發全網關注的，還是2月1日的一些自媒體文章。有的自媒體文章甚至言之鑿鑿地說：
再翻回去看看那4段序列的比對，有理有據個毛線啊！明明漏洞百出好不好！！！
有的公衆號文章作者表示自己不是生物專業，那麼就請剋制住自己bb的衝動，或者在開口前先請教專業人士，可以嗎？
現在疫情當頭，消息又多又雜，如果知道自己可能不夠專業，就請不要隨意公開放話。要知道，你的一篇10萬+，可能造成多少人的誤解和無謂的恐慌！
我希望我們的文字是幫助抗疫的武器，而不是射向大衆的暗箭。
願疫情儘早得到控制，願億萬家庭終得安康！
參考資料：
1. Pradhan,P., et al. Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag. bioRxiv 2020.01.30.927871; doi: https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871
2. NCBI BLAST 數據庫：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome
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