- Bioinformatics是作为生物信息学最重要的专门期刊了。2012年度IF=5.468
- 另外还有Briefings in Bioinformatics，这个杂志每年的发稿量少，最近几年IF波动很大，第一年24+，后来到9+，2012年度IF=5.202。
- 稍次一点的杂志，如BMC Bioinformatics，也是生物信息学的专刊。2012年度IF=3.447
- 对于计算向的生物信息学，PLOS Computational Biology是一个很好的期刊。2012年度IF=5.215
- 除此之外，Nature Method，也会有生物信息学相关的方法发表。2012年度IF=19.276
PLOS Biology也是很好的杂志，2012年度IF=11.452。PLOS One也会经常有生物信息学文章，2012年度IF=4.092。
如果有实验和数据分析，大多投到生物相关的杂志，比如genome research, nature genetics, nature等，在method里面涉及一些生信的方法，连带把algorithm放出来，供大家使用。所以，不一定非要发到bioinformatics。
因为如果仅仅是一个算法，比如如何优化read alignment，并不是解决一个生物问题，所以一般发到方法类的journal，只有结合生物实验分析数据，得到新的结论，有一个完整的story，才会发到更comprehensive的journal里面。
除了bioinformatics等最中规中矩的生信刊物(一般纯算法会投这种)，视子领域不同（偏statistical genetics/genomics/epigenetics），生信领域研究者的常发的还有
BMC genomics IF ~ 5
NAR(Nucleic acids research) IF ~ 8
Genome Research IF ~10
Nature Genetics IF ~30
Genome biology IF ~10
另外有时也会投 BMC system biology. 一般业内顶级会议（RECOMB,GIW等）最终都会发在bioinformatics/BMC genomics/BMC bioinformatics/NAR之类的期刊上
楼主指的应该是纯生物信息的方法类文章吧，这类没有自己生产的bench data的文章通常不太可能发布到最最顶尖的杂志，比如Nature或者Science的主刊。我的经验是投文章时可以分为四个梯队：
第一梯队：Nature Methods, 只要能发上面基本上就保证了关注度和引用，也会有很多人follow你的方法的；
Genome Research, 很老牌的杂志了，文章的质量都很高，当然了editor大部分文章都是直接拒的。
Nature Biotechnology,纯方法的文章很难发上来的，一般都是很大的组既有方法又有实验数据。楼主可参见Cufflinks和Tohat那篇文章，很多个co-author，做了非常多的测序实验来验证。
Nature Genetics，同样，很少有纯方法的文章，除非你在圈内已有很大影响力，比如CADD那篇文章。上面有一大堆做统计和GWAS的人，感觉不太欢迎machine learning的文章。
第二梯队：
Genome Biology, 比较新的杂志，近几年有一些不错的文章
Nature Communication, 非常新的杂志，基本上每期都会有一些生信类的文章。我感觉影响因子在不断上涨，顶着Nature的头衔自然不会缺少好文章。我亲身的经验是是审稿周期非常久，不建议需要短时间内发文章毕业的高年级博士。
第三梯队：
这一类别的杂志就很多了，Bioinformatics曾经是最好的生信杂志，近几年因为文章数量太多灌水严重影响因子有所下降。Nucleic Acid Research也是专业的生信杂志。除了这些，PloS系列的PloS Genetics和Plos Computational Biology也都是接受生信文章的不错的杂志。Human Molecular Biology近几年也开始接受生信文章。
第四梯队：
如果楼主被之前所有杂志都拒了，那基本上在国际上能够得到认可的杂志也就不多了。PloSOne和BMC系列是楼主的最后选择了。如果再往下投，估计说出去都没人听过了。。。
单纯考虑开发新的algorithm或software的话，能发表在Bioinformatics也是很好的了。
另外如果开发的新的algorithm或software，很好地结合应用实践，发在CNS及其子刊也不奇怪。
