采用Miniconda3安装QIIME2于Ubuntu 18.04
0.将系统默认python从python2改为python3
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3 150
1.安装miniconda3
# 下载最新版的miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 运行安装程序
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
按安装过程中提示操作：回车查看许可协议，空格翻页，输入yes同意许可；默认安装目录为你的家目录下~/miniconda3目录，可回车确认使用此目录；安装结束时提示是否添加至你的环境变量~/.bashrc，可以选择yes或no。
选yes可直接将conda3环境加入环境变量的最高优先级，使用方便，但Python3变为默认环境，破坏你之前依赖Python2的软件环境。而选no不添加保证之前软件安装环境不变，但运行conda及相关程序时，需要运行一条命令临时添加~/conda/bin目录至环境变量，或使用绝对路径。
以后想要使用conda，需要运行如下命令将conda临时添加环境变量
export PATH=~/conda/bin:$PATH
如果你刚才同意添加环境变量，完成后关闭当前终端，新打开一个终端继续操作才能生效。
2.安装qiime2-2019.7
#下载软件安装列表
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
#创建虚拟环境并安装qiime2防止影响其它已安装软件
conda env create -n qiime2-2019.7 --file qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
#删除软件列表
rm qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
激活工作环境
conda activate qiime2-2019.7
检查是否安装成功，弹出帮助程序即成功
qiime --help
关闭工作环境
conda deactivate
本文参考https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/81699397