酒曲的发展大概经历了四个阶段：
1、两周—两晋：上文提到，“曲”指发霉的谷物制成的发酵剂，“蘖”指发芽的谷物制成的发酵剂。而在自然条件下，实际两种情况是同时存在的，但随着人工的干预，将谷物粉碎之后，谷物的发芽能力实际上受到阻止，只能靠天然微生物发酵，于是，天然曲蘖开始逐步向人工酒曲发展。《礼记•月令》中记载：“是月也，天子乃荐曲衣于先帝。”可见，我们的祖先很早就对酒曲有清晰的认识了，不光用于酿酒，甚至用于医治。《左传》中记载：“申叔展问：有曲乎？”答:“无。”“河鱼腹疾，奈何？”。答：“以麦曲也。”杨雄在《方言》里，收集了当时7种酒曲种类。
从文字记载中我们可以看出，酒曲主要以麦为原料。总体来说，这一时期，是由自然曲到散曲到曲饼、小曲的发展成熟时期。
2、北魏—唐：这一时期的奠基之作是距今约1400年前的北魏科学家贾思勰所著《齐民要术》，“起自耕农，终于醯酝”系统总结了当时的酿酒技术。《齐民要术》详细记载了9种酒曲的制作工艺，包括神曲、笨曲、白醪曲、九州白堕曲方饼等。及至唐代时，制曲工艺进一步发展，酿酒庄园也进一步兴起，酒业兴盛的景象更繁荣在诗人们的吟诵中：“闻道云安曲米香，才倾一盏即醺人”（杜甫）；“荔枝新熟鸡寇色，烧酒初开琥珀香”（白居易）；“自到成都烧酒熟，不思身更入长安”（雍陶）“云安酒浓曲米贱，家家扶得醉人回”（范成大）…
3、宋元之际：北宋时朱翼中著《北山酒经》详细记述了13种制曲方法，除传统罨曲外，还出现了风曲和曝曲，做曲由之前的熟料改为生料，且多加入各种草药，表明北宋时期制曲工艺技术比魏晋南北朝时要进步得多。其后李保著《续<北山酒经>》进行了进一步阐释。此外，苏东坡著《东坡酒经》，言简意赅；北宋田锡所作的《曲本草》中，载有大量的酒曲和药酒方面的资料。北宋窦苹著《酒谱》，则引用了大量与酒有关的历史资料，从酒之源，酒之名，酒之事，酒之功等十几个方面对酒及与酒有关的内容进行了多方位的描述……这些文献足可见两宋时期酒业兴盛状况。
至元代，制曲技术进一步发展。至公元1324年，14岁学艺的泸州郭怀玉，经过近34年的研究总结，发明了“甘醇曲”，奠定了块状大曲的雏形，所酿之酒“浓香甘冽，优于回味”，是中国古代制曲技术里程碑意义的革新，为此，郭怀玉也被誉为“制曲之父”。
4、新中国成立至今：随着制曲技术和微生物学的进一步发展，酒曲种类日益丰富，满足不同功能的需求，门类日益细分，主要包含：大曲、小曲、红曲、麦曲和麸曲，其中以大曲为主。传统大曲又细分为低温曲（清香型）、中温曲（浓香型）和高温曲（酱香型）。