跟着運來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕，讀幾本硬書，到老了慢慢反芻。
2021年8月25日晚本是個平平常常的日子，除了下點雨。我因爲一樁小事到南京市第二醫院檢查，胸透的結果告訴我：左部肺下有個結節。
我開始對肺這個字敏感起來。
《高通量測序技術在肺癌領域的應用》這本書是購買較早的了。那時還在做生物信息，做了一段時間之後，冥冥中有個感覺：測序這個技術什麼時候會以什麼方式來改善人類健康呢？於是，在在購書網站上以【測序】【應用】【生信】【臨牀】爲關鍵詞檢索，這纔在一個夜深人靜的午夜發現了今天要分享的一本小冊子。
羅潔老師的這本介紹高通量測序技術在肺癌領域應用的書籍，雖然很薄僅有不到兩百頁，卻爲我們框架式地勾勒了高通量測序技術可能對肺癌治療帶來的改變。即概述了測序技術的發展和肺癌診斷治療的進展也講述了像單細胞測序這樣的新技術給肺癌研究帶來的新機會。因爲最近幾年在做單細胞，得以有機會在單細胞水平上解析肺癌腫瘤內異質性，其實這種異質性是遠超我們在組織上觀察到的。
我們正處於這樣的關口，即將單細胞技術轉化成臨牀檢測手段並實現腫瘤患者的持久療效。隨着單細胞技術出現，人們的視角從傳統病理組織信息轉向對單細胞水平上分子遺傳信息的精準識別。國慶前一天，新格元生物推出了一款針對肺癌常見驅動基因突變進行靶向捕獲和單細胞轉錄組同步檢測的試劑盒：FocuSCOPE™單細胞肺癌靶向基因突變檢測試劑盒。該試劑盒的應用，將在提高基因突變檢測分辨率的基礎上爲肺癌分子分型、臨牀診斷與治療提供單細胞水平的研究手段。
把單細胞技術與臨牀現狀結合起來，是目前單細胞人共同的努力方向。讓我們回到書本上來，來看看本書的大綱：
高通量測序的概念和發展
- 測序本質是測某種化合物
- 技術發展與數據積累
- 臨牀自建實驗室項目，LDS
- 科研與應用
下面這些測序技術在BULK技術層面已經十分成熟了 - 全基因組測序 - 從頭測序 - 全外顯子測序 - 全轉錄組測序 - 小分子RNA測序 - 甲基化測序 - 染色質共沉澱測序 - 宏基因組學研究
肺癌流行病學和靶向治療
關鍵在於找到有效靶點
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靶點的 特點
- 腫瘤內高表達
- 腫瘤細胞對其有依賴性
- 正常細胞低表達或者沒有
驅動基因的靶向治療
NGS在肺癌分子病理及其診斷決策中的應用
- 發現新的肺癌相關基因
- 發現新的肺癌腫瘤細胞亞羣
- 肺癌早期診斷
- 識別可用藥的分子靶標
- 鑑定耐藥機制
- 預測免疫治療反應
- 研究腫瘤進化
NGS技術研究肺癌異質性
NGS研究肺癌異質性和腫瘤進化
- 腫瘤的突變譜是其發生發展過程中積累的遺傳變異的歷史記錄，不同腫瘤細胞之間的異質性可以反映出腫瘤發展的時間順序。
- 突變帶來新的細胞表型
- 細胞異質性
- 突變異質性
- 拷貝數變異
NGS發現罕見突變基因
- 與治療藥物靶點診相關的基因
- 國內外診斷指南提到的基因
- 臨牀意義不太明確的基因
NGS發現肺癌基因表達異常
- 癌基因的活化
- 抑癌基因的失活
- 基因拷貝、突變、融合、擴增
NGS 指導治療決策
NGS指導治療決策和鑑定腫瘤耐藥機制
常見的肺癌驅動基因和臨牀現狀
靶向藥的耐藥機制
NGS促進腫瘤研究和治療
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最優NGS測序：外顯子測序+SNP+RNA
- 加上單細胞更好
NGS指導肺癌免疫治療
- 免疫細胞反應
- 腫瘤特異性抗原
新測序技術
肺癌單細胞NGS測序的意義和進展
單細胞是一個維度
DNA、RNA、表觀
單細胞技術平臺發展
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單細胞測序的臨牀研究
- 腫瘤微環境本身是一個靶點
- 腫瘤內異質性蘊含新的靶點
- 罕見細胞亞羣
人體微生物測序在肺癌診療研究和發展
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NGS和微生物
- 16sRNA 測序
- 宏基因組測序
- 全基因組微生物測序
- 微生物轉錄組測序
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微生物與肺癌
- 肺部微生物感染
- 腸道微生物影響機體免疫
檢測技術是一種潛在的診斷手段。NGS作爲一個分子檢測技術目前已經開始在臨牀上應用了，儘管NGS技術本身也在不斷髮展。完美的技術不是等來的，像單細胞技術一樣，我們不可能等到她瓜熟蒂落了纔開始應用，而是在不斷的應用中慢慢成熟。
