讀《理解生物信息學》

跟着運來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕,讀幾本硬書,到老了慢慢反芻。

思想就像基因一樣,需要通過表達來傳播和互相吸引,並且生成新的東西。基因的表達,這樣的表述讀起來平平常常,然而我們建立這樣一套概念系統是大量優秀的科學家不斷探索的結果。

生物信息學不只是畫圖那麼簡單,而《理解生物信息學》就是爲那些想進一步理解生物信息學的好奇者準備的禮物。說起這個禮物,大約是在2017年的某個週末一個加班的下午,在一位同事工位上偶遇的。那時候,作爲初入生信職場的新人,對所有的厚書感興趣,就像一盒將要打開的巧克力。

這本書爲我後來進一步理解生物信息打下了基礎,讓我讀懂一行行代碼中蘊含的生物信息。比如:

  • 如何基於序列預測基因?
  • 爲什麼16SrRNA/ITS擴增子可以用來註釋微生物?
  • 聚類分析在單細胞轉錄組數據分析中的作用?
  • 各物種間基因表達和功能的保守性如何建立的?
  • 爲什麼細胞類型的本質是基因的差異表達?
  • 。。。。。。

可以是說這本書的內容是對我生物信息學背景知識的補充和擴展,特別是對一個半路出家的生物信息學工作者而言。本書共分爲7部分:基礎知識、序列聯配、進化過程、基因組特徵、二級結構、蛋白質三級結構、細胞和組織,以及附錄和字符表等。其中,我最感興趣也最有啓發的是:

  • 序列聯配
  • 進化過程
  • 基因組特徵
  • 細胞和組織

我簡單做了一個思維導圖,對自己比較喜歡的部分做了紅色標註:

除了內容開卷有益之外,本書的組織形式也比較人性化。每一章都有:

  • 學習效果列表,它總結了該章所涉及的主題
  • 每一章都含有一個思維導圖,歸納這一章的知識邏輯
  • 每一章的每個小節都有一個流程圖以幫助讀者記憶該小節所涵蓋的主題
  • 每一章都配有教科書級別的插圖,助於我們理解相關的概念
  • 每一章末都列了一些研究文獻和專業著作的參考文獻以幫助讀者進一步擴展知識、發展技能
  • 字符表和名詞解釋

《理解生物信息學》已經成爲我的案頭書之一,在有些概念需要梳理的時候,我就會翻開看看,每有會意,往往有得。這不像《細胞分子生物學》那樣講的全是生物的知識,也不是《R語言數據科學》那樣講的全是編程的技巧,《理解生物信息學》是一本真正意義上的生信書籍。

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