部門預算執行審計是財政預算執行審計的重要組成部分。隨着預算執行審計質量和水平的不斷提高、審計所揭示的問題也越來越有深度。結合當前的工作實際，部門預算執行審計應關注以下重點。
一是要注意審查部門預算編制和調整情況。預算編制是預算執行的標準和指引，審計中要關注預算編制的完整性及細化程度、預算編制的科學性，同時關注部門追加調整預算的申請文件、依據，調整部門預算事項未編入年初預算的原因等。
二是要注意審查部門預算執行情況。預算執行情況包括預算收入及預算支出的執行情況。預算收入重點關注單位及下屬單位非稅收入的真實性、合法性，賬面結轉和結餘總體情況，分析結轉結餘資金形成的原因。預算支出重點關注超預算支出費用，分析超預算支出的資金來源、超預算原因等，同時重點關注“三公經費”預算執行情況。
三是要注意審查部門預算項目支出及其績效情況。重點關注項目支出是否存在擠佔項目資金、項目安排不合理、資金使用不當導致財政資金滯留、閒置、損失浪費、使用效益低下等問題。
四是要注意審查決算編報的相關情況。重點關注決算報表反映內容的完整性、真實性。審查決算報表反映的各項數據是否正確，並對預算數、調整預算數和決算數的差異進行分析。