创伤后应激障碍：暴力行为的入侵性记忆，会成为强烈而持久的经验，形成条件反射。创伤后应激障碍的危害在于降低神经警报的设定值，使个体把日常普通的时刻当成紧急状况处理。
创伤的核心是“主要暴力行为的入侵性记忆：最后一记拳头的打击、尖刀的猛刺，以及猛烈的枪声。这些记忆——枪击的场面、声音和气味，受害者的尖叫或突然沉默，鲜血四溅，警笛长鸣——会成为强烈而持久的经验”。
创伤后应激障碍，其主要症状是由于以杏仁核为中心的边缘神经回路的变化引起的。其中主要的变化发生在蓝斑，蓝斑是调节大脑分泌肾上腺素和去甲肾上腺素这两种儿茶酚胺物质的组织。
神经科学家现在认为，这些逼真的恐怖时刻作为记忆被深深地刻入了情绪的神经回路。其症状表现为，过度唤起的杏仁核发出信号，迫使创伤时刻的生动记忆一直入侵意识。因此，创伤记忆成为异常敏感的心理触发器，一有风吹草动就会拉响警报。这种触发器现象是所有类型情绪创伤共同具有的特征，包括童年期反复遭受身体暴力的创伤在内。
任何创伤事件，比如火灾或车祸、经历地震或飓风等自然灾害，以及遭受强奸或抢劫等，都会在杏仁核植入触发性的记忆。每年有成千上万人遇到种种灾难，其中很多或大多数人情绪上也会受到伤害，他们的大脑留下了创伤的印记。
暴力行为比飓风等自然灾害的危害性更强，原因在于暴力的受害者不同于自然灾害的受害者，他们会感到自己是被故意挑选出来作为邪恶的攻击对象。受害的经历使他们不再认为人们值得信赖、人与人的世界是安全的，而自然灾害并不会动摇这种信念。突然之间，人际社会变得非常危险，周围的人随时可能危及你的安全。
施暴者的残忍给受害者留下了深刻的烙印，使受害者害怕与攻击行为稍有相似之处的一切事物。比如，一个男人的后脑勺受到重击，但他没有看到袭击者是谁。从那以后，每次在街上走，他都要走在某位老太太前面，这样他才感到安全，觉得后脑勺不会再次受袭。有位妇女在电梯里被一名男子抢劫，劫匪用刀威逼她走到一个没人住的楼层。事后的好几个星期里，她不仅害怕坐电梯，而且害怕坐地铁或进入其他封闭空间。在银行里，她看到一个男人把手放进夹克口袋——和劫匪当时的动作一样，她吓得立刻逃了出去。
蓝斑与杏仁核的联系很密切，与海马体、下丘脑等其他边缘组织也有紧密联系。儿茶胺的神经回路延伸到大脑皮层。
这些神经回路的变化被认为是创伤后应激障碍症状的起因，创伤后应激障碍的症状包括焦虑、恐惧、过度警觉、情绪容易不安和唤起，以及随时准备战斗或逃跑，并且还会不断地回顾紧张的情绪记忆。
另一种变化出现在联结边缘脑与脑垂体的神经回路。脑垂体的功能是调节促肾上腺皮质激素释放因子（CRF）的释放。
第三种变化出现在大脑的阿片系统，阿片系统的功能是分泌内啡肽以缓解痛楚。
大脑的功能已受到损伤，但可以通过冥想、瑜伽等等来进行修复。