原创 12月份第2周（總第46周）探索TNBC新的亞型分類

發表於：Clin Cancer Res. 2015 Apr 文章題目是：Comprehensive Genomic Analysis Identifies Novel Subtypes and Targets of Triple-negat

2018-12-12 16:40:21

原创 你憑啥寫“該基因在人體中高表達”--誰給你的勇氣，梁靜茹嗎？

摸着你的良心，你有沒有在文章的introduction裏面煞有介事的介紹過某基因，你寫“xxx基因是在人體中分佈廣泛、高表達且高保守的基因/蛋白，主要參與XXX等生物學過程”，套路，都是套路！小編曾經也沒頭腦的寫過這樣的話，如今開始學了生信

2018-12-12 16:40:21 1

原创 2433個乳腺癌患者的173個基因的突變全景圖

發表於2016年的NC，The somatic mutation profiles of 2,433 breast cancers refine their genomic and transcriptomic landscapes 可以說

2018-12-11 15:15:07 8

原创 爬蟲寫完了，運行了，然後呢？

下面是作業原文之前答應師兄爬取biostar論壇全部帖子（https://www.biostars.org/），並根據閱讀數和點贊數 挑選排名靠前的問題翻譯。看到這個問題，我首先想到的是R和python。基礎的爬蟲無非是：構建URL、根據頁

2018-12-11 15:10:06 2

原创 在R裏面玩轉vcf文件

看到一個成熟的R包，所以推薦一下https://knausb.github.io/vcfR_documentation/https://cran.r-project.org/web/packages/vcfR/vignettes/intro

2018-12-07 15:25:07 304

原创 終於趕走那些惱人的警告了

程序員的3個美德，其中之一就是懶惰，凡是不影響大局的代碼警告我都懶得去解決，比如每次啓動R語言都會有：Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.sta

2018-12-07 15:05:13 3

原创 用Modules優雅地管理服務器的環境變量

在我管理的基因組學羣裏，今天有人提出了這樣一個問題，如果有多個版本的BLAST，並且都是用conda安裝，應該如何調用不同版本的BLAST對於這個問題，其實存在多種解決方案：用絕對路徑進行調用使用conda創建多個環境，用 source a

2018-12-07 15:05:01 5

原创 學好生信，救人一命

最近談到癌症的話題，可能讓人立馬談”病”色變。但是早在兩年前，一個生物學家利用數據分析，成功治好了自己的癌症。爲了生存奮鬥Sherley Pepke博士作爲一名計算生物學家，妻子，兩個孩子他媽，一直從事着調控基因組學的研究。突然被診斷出第三

2018-12-07 14:40:17

原创 TCGA體細胞突變系列教程--胃癌

jimmy生信技能樹聯盟創始人有這個想法很久了，我教了很多人如何批量下載TCGA數據，以及分析各個癌症的somatic突變信息以及TMB，還有突變的特徵頻譜。下載TCGA所有癌症的maf文件計算TMB 下載TCGA所有癌症的maf文件做si

2018-12-07 14:40:17

原创 “精準醫學研究”重點專項階段性成果大揭祕

自從2016年科技部公佈了國家重點研發計劃 “精準醫學研究”重點專項，陸續有97（2016年第一批批准61個，2017年第二批批准36個）個項目獲得支持。在2018年即將進入尾聲之際，“ 精準醫學研 ”重點專項進展如何？又取得了哪些階段性成

2018-12-07 14:40:17

原创 使用FACETS對ngs數據找CNV

這個工具，FACETS (Fraction and Allele-Specific Copy Number Estimates from Tumor Sequencing), 的文章發表不到兩年，Nucleic Acids Res. 201

2018-12-07 14:40:05 145

原创 FDA致病菌檢測挑戰賽結果發佈，廈門極元科技總分排名第二

近期，美國食品藥品監督局FDA通過在線平臺precisionFDA （https://precision.fda.gov） 舉辦了CFSAN Pathogen Detection挑戰賽，目的是在宏基因組測序樣本中鑑定出沙門氏菌株的分佈和類型

2018-12-07 14:34:57 1

原创 可以試用一下這個號稱能取代GATK best practice的工具套件

逛biostar的時候無意發現了這個神器，至於爲什麼我會逛biostar論壇了，明天你們就知道了。Dear colleagues,We are happy to announce the release of elPrep 4.0.0, a

2018-12-06 11:15:13 7

原创 SSH的一些稀奇古怪的報錯

購買雲服務器時候手滑不小心選擇了centos系統，尷尬，後面的一系列教程都沒法自動化運行啦，偏偏前面還已經把這個雲服務器給一些朋友用了幾天，亡羊補牢的把雲服務器重啓，重新安裝系統，這個時候雲服務器的好處就凸顯出來了，重新安裝系統的過程全自動

2018-12-05 11:05:03 1

原创 在ubuntu使用apt install的fastqc是有bug的

爲了方便十幾個新手使用雲服務器，我取巧的root權限安裝了一堆生物信息學軟件，代碼如下：sudo apt install -y fastqc sudo apt install -y samtools sudo apt install -y

2018-12-05 10:55:06 18