Aspera從NCBI下載原始數據

1.下載並安裝：

wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.2/aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh
sh aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh

把一些輸入文件放到主目錄：

cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty ~/
cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ~/

並將程序鏈接到環境變量裏：

ln -sf /home/zqyang/.aspera/connect/bin/* ~/bin/

2.使用匿名賬號直接下載數據：

ascp -k 1 -l 100M -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -T [e-mail]:sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP040/SRP040251/SRR1197490/SRR1197490.sra .

3.批量下載：
將數據整理成一個文件file_list.txt 中，文件內容例如：

sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP040/SRP040251/SRR1197490/SRR1197490.sra
sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP040/SRP040251/SRR1197491/SRR1197491.sra
sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP040/SRP040251/SRR1197492/SRR1197492.sra
（每行一個路徑）
nohup ascp  -i  ~/asperaweb_id_dsa.openssh --mode recv --host ftp.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp   --file-list  file_list.txt ./ &

4.SRA文件如何找到鏈接：
去該網址下面找到SRR文件：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/public/