1.能做多少個樣本？
Visium基因表達玻片上有4個捕獲區域。實際上4個區域是一次性都要檢測的，因此樣本數最佳是4的倍數。每個捕獲區域的大小是6.5mm乘6.5mm（注意是毫米）。因此要仔細的規劃待檢樣本的大小和位置。如果樣本的大小小於捕獲區域的尺寸能否多個樣本放在一個區域內？這個需要嘗試，做實驗的人是不會保證能做出來的。這是一個很精細的活兒。
- 空間轉錄組數據是單細胞尺度的結果麼？
這個主要可從捕獲區域內數據點的尺寸來看。每個捕獲區域大約有5000個spot，每個spot的直徑是55µm。這個尺度下的數據不是單細胞尺度的，每個點是大約十幾個或幾十個細胞的數據。因此，可以同一樣本在做了空間轉錄組後再結合一個組織的單細胞seq的數據共同分析（燒錢啊燒錢）。
⋓ 每兩個spot的中心點的距離是100µm。可見，目前空間轉錄組技術已經很先進，但是分辨率還是有限。未來可能還有很大的發展空間。
每個spot上面有數百萬條oligo。每個spot上所有oligo的Spatial Barcode的序列都是相同的，而不同的spot之間Spatial Barcode是不同的，這樣通過Spatial Barcode，就能夠知道每條mRNA到底位於哪個spot，也就獲得了mRNA的空間位置信息。UMI用於基因表達定量，可以知道每個spot上有哪些基因表達以及他們的表達量。poly-A用於捕獲mRNA。4個捕獲區域內的Spatial Barcode是相同的，但每個捕獲區域內不同的spot之間Spatial Barcode是不同的。
摘引自https://zhuanlan.zhihu.com/p/114192274。感謝原作者分享。