1.能做多少个样本？
Visium基因表达玻片上有4个捕获区域。实际上4个区域是一次性都要检测的，因此样本数最佳是4的倍数。每个捕获区域的大小是6.5mm乘6.5mm（注意是毫米）。因此要仔细的规划待检样本的大小和位置。如果样本的大小小于捕获区域的尺寸能否多个样本放在一个区域内？这个需要尝试，做实验的人是不会保证能做出来的。这是一个很精细的活儿。
- 空间转录组数据是单细胞尺度的结果么？
这个主要可从捕获区域内数据点的尺寸来看。每个捕获区域大约有5000个spot，每个spot的直径是55µm。这个尺度下的数据不是单细胞尺度的，每个点是大约十几个或几十个细胞的数据。因此，可以同一样本在做了空间转录组后再结合一个组织的单细胞seq的数据共同分析（烧钱啊烧钱）。
⋓ 每两个spot的中心点的距离是100µm。可见，目前空间转录组技术已经很先进，但是分辨率还是有限。未来可能还有很大的发展空间。
每个spot上面有数百万条oligo。每个spot上所有oligo的Spatial Barcode的序列都是相同的，而不同的spot之间Spatial Barcode是不同的，这样通过Spatial Barcode，就能够知道每条mRNA到底位于哪个spot，也就获得了mRNA的空间位置信息。UMI用于基因表达定量，可以知道每个spot上有哪些基因表达以及他们的表达量。poly-A用于捕获mRNA。4个捕获区域内的Spatial Barcode是相同的，但每个捕获区域内不同的spot之间Spatial Barcode是不同的。
摘引自https://zhuanlan.zhihu.com/p/114192274。感谢原作者分享。