博士生上杉寫了一個遊戲故事《腦部症候羣》，想要參加“冒險遊戲書原作徵文比賽”，但是因爲篇幅過長，作品與獲獎擦肩而過。
但很幸運，這個故事成爲一家遊戲公司的創作腳本，一年半後，上杉受邀參與遊戲測試。
測試的內容是遊戲是否存在bug。
但這不是重點，重點在於，玩遊戲要脫下所有衣服，躺在柔軟的“克萊因壺”裏。
克萊因壺是進入遊戲世界的入口，它連通着現實與虛擬，但是在壺的兩側，不管是壺內還是壺外，玩家所有的感受毫無差別。
故事的脈絡就這樣發展下去，與他一同參與測試的女孩梨紗不見了，而梨紗的一位女友七美不請自來，經過兩輪脣槍舌劍，他們發現，記憶根本對不上。
在同一地點的兩個人，就坐在同樣一個長椅上，卻看不見對方。
這是怎麼回事！
“我在壺裏。雖然分辨不出內外，但我一直就在那個壺裏！我離開伊普西隆去了二子，買車票，坐電車，然後走進商廈坐在長凳上觀察噴泉。但是，那些都是假的。”
一個在壺裏，感受到的是虛擬世界，另一個在壺外，一直都存在於真實世界，兩個人雖然都覺得自己在真的二子附近的商場，卻根本就不可能相見。
於是，一場推理正式拉開序幕。
“做夢的話，我們可以覺查到。夢的感覺可沒有K2那麼真實。”
虛擬環境做的與現實毫無二致，那要如何分辨那一邊是真實的呢？
上杉找到一些特別的物品：梨紗的金耳環，姬田的名片，被藏在梨紗公寓門上面的鑰匙。
這幾樣物品被當做“錨”，只要有這些東西，那就一定是在同一側。
上杉認爲，有七美和“錨”的，是真實的世界。
“細長的管子，兩端連接起來，不就成了甜甜圈嗎？要做成克萊因壺，就得把管子往四次元的方向翻轉，然後再連接起來。”
七美向上杉解釋什麼是克萊因壺，經過一番討論後，他們發現：
“克萊因壺也一樣，沒有內外之分。在內壁行走的人，會不知不覺得來到外壁。”
這樣的解釋，基本印證了上杉的感受。
他的現實與虛擬已經被克萊因壺給連接起來了。
但是他心中的疑問一直都沒有解開。
梨紗失蹤了，她去了哪裏？她是不是出事了？
伊普西隆不可能是一個遊戲公司，那它到底是什麼？
要如何去面對眼前的虛擬和現實？揭穿克萊因壺背後的祕密，還是接受？
上杉在門外聽到了伊普西隆的負責人之一梶谷的電話，電話內容中提到了一家醫院，在五年前有一場事故。
於是上杉與七美展開調查，在5年前的美國，一家名叫“克萊因”的醫院，發生了3起“有趣”的案件，其中有一名醫護人員在突然失蹤的幾天後開車撞向加油站，另一個案件中4名將會把牢底坐穿的囚犯死於大火。
七美斷定，一定有什麼原因被掩蓋掉了，比如，四名囚犯的真實死因。
因爲認定這四名囚犯在醫院中接受了某種人體試驗，上杉和七美決定繼續調查，就算不能就出梨紗，也要讓伊普西隆的陰謀公諸於世。
在七美前男友姬田的幫助下，伊普西隆背後的克萊因展現出真實的一面：
“最精彩的部分是這位事務長的履歷。這個男人在做克萊恩紀念醫院的事務長前，是政府部門的工作人員，而且是在一個名叫DDST的組織裏當課長。”
DDST就是CIA，科學技術部。
“這個組織恰如其名，研究和開發了CIA情報活動所要用到的種種科技。”
CIA前課長空降到克萊因紀念醫院，然後就死了6個人。
上杉的信念更加堅定，他必須要採取行動，因爲梨紗的失蹤，已經有候補隊員上場，而 後面還可能會有更多人因此受害。
這可是赤裸裸的“人體試驗”啊！都已經知道到這個程度了，那就必須要阻止。
上杉展開一系列調查，發現了“棕色轎車”不能看外面的真正原因，也知道了研究所的準確位置，甚至綁架了重要的項目負責人笹（tì）森貴美子。
但是……
隨着一股甜香的異味，上杉、七美和貴美子都倒在封閉的電梯裏。
上杉在克萊因壺上醒過來，所有人都說，他經歷了一場非凡的冒險，遊戲通關了。
一切都結束了。
“好了，高石小姐正在等你，穿上衣服回這邊來吧。”
高石梨紗？
上杉看到了一臉促狹笑意的貴美子，他的脖子上沒有裁紙刀劃過的痕跡，而梨紗喜氣洋洋。
“我們把遊戲的結構稍微改了一下，讓《腦部症候羣》在不知不覺中變換成了現實的舞臺……大家都是登場人物……七美小姐是遊戲裏的一個角色。看來你完全搞混了。”
上杉來到梨紗的公寓，門上並沒有鑰匙，室內也沒有七美留下的痕跡。
這是與有七美的環境的另一側。
第二天上杉就出逃了，用了一個月的時間。
他重度懷疑人生，精神接近崩潰。
就在想要自殺的一刻，他忽然想到：
“從結束的時候開始”