儘管現在scRNA-seq廣泛應用於腫瘤內異質性的研究中，體細胞突變的檢測和從scRNA-seq推斷克隆成信息可能並不準確。這裏，我們提出了DENDRO，這是一種分析scRNA-seq數據的方法，它將單個細胞聚集成遺傳上不同的亞克隆，並重建與亞克隆相關的系統發育樹。DENDRO在考慮了技術噪音和表達隨機性的同時利用轉錄點突變推斷信息。我們對DENDRO進行了基準測試，並演示了它在三種癌症的模擬數據和真實數據上的應用。在免疫治療的小鼠黑色素瘤模型中，DENDRO描述了新抗原在治療反應中的作用。
Zhou, Z., Xu, B., Minn, A. et al. DENDRO: genetic heterogeneity profiling and subclone detection by single-cell RNA sequencing. Genome Biol 21, 10 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-019-1922-x