對於mRNA疫苗而言，最近特別火的就是新冠方面的疫苗的嘛。其中有一些新冠的疫苗就屬於mRNA疫苗的。所謂mRNA疫苗反應的原理。就是把特異性可以翻譯成蛋白的mRNA打入到人體體內，進而mRNA可以翻譯成相關的蛋白，這些蛋白可以誘導機體產生特異性的免疫答應，達到預防的作用。
因此廣義的意義上來說的話，只要是可以翻譯成蛋白的，且在某一個疾病當中高表達的，都可以當作這個疾病的候選的mRNA疫苗。所以在我們進行RNA-seq數據分析的時候，得到的差異的高表達基因，那就可以稱之爲mRNA疫苗。也因此，就有了下面的這個文章。
接下來就簡單的介紹一下這個文章吧。總的來說這個文章是一個基於差異高表達基因的多組學和基因分型分析的文章。
這篇文章分析的胰腺腺癌(PAAD)當中mRNA疫苗分析的過程
PAAD潛在抗原篩選
如果要製備腫瘤相關的mRNA疫苗的話，那就得着篩選在腫瘤當中異常高表達的基因。所以作者通過差異表達分析來尋找PAAD差異高表達的基因。同時通過相對應的基因的突變和拷貝數的變化進一步尋找高表達同時異常突變的基因。經過篩選作者得到了926個差異表達基因。
這裏作者使用了GEPIA進行差異基因篩選。同時使用了cBioPortal來進行相關基因的突變和拷貝數分析。
爲了進一步瞭解這基因潛在抗原和預後的關係。作者對這些基因進行了預後分析
由於mRNA疫苗需要引起免疫反應，所以作者分析了影響預後的這些基因和免疫浸潤的關係
這裏作者使用了TIMER數據庫進行分析的。
PAAD免疫相關亞型分析
對於mRNA疫苗而言，如果要接種疫苗的話。那就要進行免疫反應。所以通過免疫分型可以用來反映腫瘤及其微環境中的免疫狀況，從而幫助確定合適的患者進行疫苗接種。因此作者基於19972個免疫相關基因(這麼多基因哪兒來的沒說。。)進行了共識聚類。通過分析最終確定了5個亞型。在確定了不同的亞型之後，首先是對這五個亞型和臨牀參數以及預後進行了分析。
進一步觀察了不同的免疫亞型和TMB以及突變的關係
同時分析了不同亞型和免疫檢查點(immune checkpoints, ICPs)和免疫原性細胞死亡(immunogenic cell death, ICD)的關係。
基因原理就是找到ICPs和ICD相關基因。觀察這些基因的在不同的分型當中是否存在差異即可
同時由於CA125和CA199是兩個明確的和PAAD預後有關的基因。也進一步分析了這兩個基因和免疫分型的關係。
以上是對於免疫分型和臨牀以及和某一些基因的具體分析。但是對於這個分析和具體的功能有什麼關係，目前還沒進行分析。所以作者又觀察了目前的分型和免疫細胞、之前的免疫分型以及56個分子特徵進行了分析。
進一步，通過降維分析來觀察不同分析之間樣本的分佈。同時發現了三個不同亞型的可以更好的區分樣本。
最後爲了WGCNA聚類 分析。來尋找PAAD相關的模塊。同時基於尋找那些模塊和免疫分型有關係
總的來說
以上就是這個文章的大致內容了。總的下來。作者對PADD的差異基因進行的多組學的分析。同時基於免疫基因進行了分型，然後觀察分型了各個方面的關係。但是對於前面的差異的候選抗原和後面的分型。好像並沒有聯繫到一起。
文章關於單基因的分析的話，更多的使用的是在線的數據庫。這個我們可以方便我們使用的。對於後面的分型。就需要一些算法基礎來進行實現了。但是。。。前段時間剛剛發表了一個用來整合各個算法的分型在線數據庫。如果想要進行分型分析的話。可以看一下我們明天的帖子哦。
另外。。。關於這個文章。。在同一個雜誌上還有另外一篇，相同作者，不同癌的文章。。。厲害厲害的，相同套路。兩篇十分。
