關於EMT
上皮間質轉換(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)是一個腫瘤發生過程當中的一個重要過程。這個過程主要是通過上皮細胞失去細胞極性和細胞間粘附力，並獲得遷移和侵襲特性，成爲間充質幹細胞。通過檢索近十年的文獻。我們也發明對於EMT也算是一個熱點的。
對於EMT而言，基礎實驗的話，在基因方面，也主要是通過檢測幾個核心蛋白的變化，來確定其EMT的轉化情況。
既然EMT能確定相關的基因的話，那對於RNA-seq的數據而言，就可以進行基於這些相關的基因進行樣本EMT特徵評分。所以也就有了EMTome(http://www.emtome.org/)這個用公共RNA-seq的數據庫來進行EMT樣本評測的數據庫。
背景數據集
這個數據庫，主要是用來分析腫瘤當中的EMT的變化的。因此，納入的分析的數據集就是TCGA、CCLE、MET500以及HPA數據庫了。
另外關於EMT的評估，主要是要了解EMT相關的基因有哪些。雖然目前經典的基因都差不多。但是對於其中一些額外的基因每個文獻可能納入的都不一樣。因此作者對檢索數據庫檢索EMT相關的評分的文章。綜合尋找EMT相關基因。經過查詢，450個有關的文獻。並從中找到了810個蛋白編碼的和122個非編碼的基因。
另外關於每一個腫瘤當中EMT特徵評分的算法。作者使用的是GSEA的算法來進行評估的。
數據庫使用
基於以上的數據，作者構建了五個和EMT相關的模塊
- EMT Signature: 可以查詢之前檢索的文獻的具體信息，其中包括每一篇文獻當中包括哪些基因
- EMT Genes: EMT相關基因在癌症當中的基本特徵，包括表達，突變
- EMT Interactome: EMT相關基因在癌症當中的相關功能分析
- EMT Score: 研究某一個基因和某一個EMT特徵在不同腫瘤當中的關係，以及在不同腫瘤當中不同EMT評分和預後的關係
- CRISPR/DRUG Response: EMT相關基因和和藥物相關性
以下我們就介紹一下這個數據庫獨特的EMT Score這個模塊。
EMT Score
在這個部分主要包括分成兩部分
- 分析某一個基因和某一個EMT特徵在不同腫瘤當中的相關行。由於不同文獻當中納入的EMT基因不同，所以這個我們重點需要選擇的就是想要基於哪一個參考文獻進行分析。另外就是輸入我們想要分析的基因。例如： TP53
這裏需要注意的是，在輸入的時候。數據庫給的基因聯想是EMT相關基因。如果輸入基因的時候沒有相關的聯想的話，不用在意的，繼續點擊提交即可。
在點擊提交之後，我們就可以獲得在不同腫瘤當中，這個基因的表達和EMT的相關性了。
- 觀察某一個腫瘤當中，所有不同文獻的EMT特徵在腫瘤當中的預後情況。這裏可以分析PFS以及OS的預後。
總的來說
以上就是這個數據庫的主要內容了。。雖然數據庫不錯，但是。。。。要登陸這個數據庫的實話，可能需要科學上網。如果有方法的話，那就可以使用這個數據庫哈，要是沒有方法怎麼辦呢？
這個數據庫提供了，每一個文獻當中有哪些基因的表格。我們可以下載這個表格選擇某一個文獻。然後利用自己想要分析的數據進行GSEA或者GSVA分析的。
如果有需要的話，後臺回覆: “EMT”即可哈