1902年4月，魯迅抵達日本，他首先進入東京的弘文學院就讀，這是一所專門接納“清國留學生”的預科學校，主要教授日語。
同樣在這段時期裏，梁啓超、孫中山等維新、革命之士也聚集到了日本。
一時間，《新民叢報》《新小說》等宣揚新文化的報刊流行開來，大大小小的集會、講座也在東京遍地開花。
在弘文學院學習之餘，魯迅經常去參加集會、聽演講。在活動中吸收新思想的同時，魯迅也結識到了一批志同道合的夥伴，其中就有魯迅的同鄉、後來成爲終生摯友的許壽裳。
魯迅和許壽裳兩人經常聚在一起討論問題。據說，二人最常討論三個問題：一是怎樣纔是理想的人性；二是中國人的國民性最欠缺的是什麼；三是它的病根何在。
在這些革命義士、同學夥伴中，有一個人對魯迅的影響最爲深遠，直到魯迅臨終前，回憶起這位前輩，還大讚他是“先哲的精神，後生的楷模”。
這個對魯迅影響最深的人，就是章太炎先生。
早先，章太炎因參加維新運動而遭到清政府通緝，一度被捕入獄。出獄後，章太炎流亡日本。
他在日本遇到孫中山，加入了同盟會，擔任同盟會機關刊物《民報》的主筆。章太炎運用自己在中國古典、印度哲學、西方哲學領域的淵博知識，倡導革命，批判康有爲、梁啓超等人的維新論。魯迅經常在報刊上讀到章太炎的文章。
此外，魯迅每週日都會與好友許壽裳、錢玄同等人去民報社聽章太炎的講座，聽章太炎講授知識，評點時事。
來到日本一年後，在新思想的感召下，魯迅剪掉了自己的辮子，決心做一名新時代的“現代人”。
不過，第二年回鄉探親時，魯迅還是在上海買了一條假辮子，因爲按照清朝的法規，男人不留辮子是要被砍頭的。
從弘文學院畢業後，魯迅本應按照清政府指定的升學方向，進入東京帝國大學工學部採礦冶金系，但他卻選擇了醫學。
魯迅當時的夢想是，畢業回國後，救治像父親一樣被庸醫耽誤的病人，如果發生戰爭，就去當軍醫，以此爲民族革命做貢獻。
他對醫學的熱情，甚至讓一位原計劃學習師範的朋友，改學醫學專業。
魯迅非常反感東京那些爲了拿文憑而留學的中國留學生，他們會爲了一張證書而興高采烈地跳舞，會成羣結隊去上野賞花。
所以他決定遠離喧囂的東京，去仙台醫學專門學校，潛心學醫。