創傷後應激障礙復原可以分爲三個階段：獲得安全感；記住創傷的細節並哀悼由此帶來的損失；最後重新恢復正常的生活。
第一個步驟是重新獲得安全感，也就是轉變行爲，想辦法使過於驚慌不安、杯弓蛇影的情緒神經迴路平靜下來，爲重新學習創造條件。
在早期的另一個步驟是幫助病人重新獲得對當前情景的控制感，直接削弱創傷事件導致的無助感。
創傷後應激障礙患者“不安全”的感覺超過了對潛在危險的恐懼感。患者不安全感的私密性更強，他們感到無法控制自己的身體狀況和情緒。這不難理解，創傷後應激障礙導致杏仁核神經迴路過度敏感，因此一有風吹草動就會情緒失控。
第二個治療步驟是以安全的方式重述和重構創傷事件，使情緒神經迴路對創傷記憶以及觸發記憶的事物重新獲得更切合實際的認識和反應。
改變對創傷事件反覆回味、念念不忘的習慣，這可能會促進對創傷進行自發回顧以及情緒反應的再學習。赫爾曼認爲，對於創傷後應激障礙症狀較難控制的患者，重述創傷事件有時會引發嚴重的恐懼感，在這種情況下，治療師應當放緩節奏，使患者的反應保持在可以承受的範圍內，這樣纔不會干擾再學習的過程。
最後，病人需要哀悼創傷造成的損失——無論這種損失是受到傷害、至親死亡或感情破裂，還是後悔沒有采取措施挽救某人，或者對他人的信賴感消失等。
儘管創傷後應激障礙經常會出現後遺症或間歇發作，但是有某些特定的跡象可以表明患者基本上克服了創傷的影響，比如生理症狀降低到可控制的水平，以及可以承受與創傷記憶相關的感受。尤其具有重要意義的是，創傷記憶不再隨時爆發、不受控制，個體可以像對待其他記憶一樣隨意回顧創傷記憶——也許更重要的是，可以像對待其他記憶一樣把創傷記憶放在一邊、置之不理。最後，克服創傷還表現在重新開始新的生活，樹立牢固、可信賴的人際關係和信念，在曾經受到傷害的世界中找尋意義。這一切都是情緒腦重新學習的成功標誌。