萬曆怠政的另一大原因是，因立太子人選的分歧，而與文官集團的消極對抗。
可是這一個對抗，卻延續了二十年之久，萬曆終究做出妥協，立了皇長子朱常洛爲太子。
可這時的政治生態已經惡化到不可逆轉的境地。文官集團權力過大，黨爭之風繁盛不衰，社會運行不暢以至於矛盾越積越深。
萬曆死後，一直不被萬曆重視的光宗朱常洛，僅做了一個月皇帝就因病歸天了。光宗的兒子“文盲皇帝”朱由校繼承帝位。
萬曆不重視朱常洛，同時連累了朱由校，從小沒能讀書受教。這是這個缺少見識的皇帝，重用宦官和奶媽，把明朝的宦官干政推到了頂峯。大明的這條破船更加破敗不堪。
“閹黨”與東林黨的爭鬥，繼續消耗明朝的氣運。當了七年皇帝的熹宗朱由校，臨死之前，把帝位傳給了他的弟弟朱由檢。
朱由檢，一登基就證明了自己是一個勤政，節儉、聰明、睿智的新皇。眼看着似他將有一番作爲，把明朝帶向中興，然而，歷史不再給他機會。
朱由檢，上臺後雖然進行了撥亂反正，剷除了“閹黨”，卻無法在朝堂黨爭，官員腐敗，天災連連，外敵內患的不斷衝擊下力挽狂瀾。
他敗了。雖然他勵精圖治，處處用心，想要挽大廈於即到。可是他無法與國運抗衡。危機禍患不斷，主政官員頻繁更換，大臣殺了一批又一批，問題沒有解決，反而越來越多，越來越嚴重。他傾盡全力，卻只能以亡國之君收場。
明朝實亡於萬曆。卻由“明君”崇禎承受了惡果。