原创 MATLAB-Robotics工具箱----座標變換和軌跡規劃
在理解關節機器人運動學原理的基礎上用MATLAB開始做機器人的運動學仿真1.關節參數 要在MATLAB建立機器人對象，首先要了解D-H參數，利用工具箱的LINK和ROBOT函數建立對象。 LINK函數CONVENTION： 選取s
2020-06-15 16:21:20
原创 分子動力學模擬方法-從入門到發文章 之 背景介紹
盆友們，“21世紀的科學已經不再是實驗與理論平分秋色，而是實驗、模擬、理論三分天下，模擬是聯繫理論與實驗的紐帶，在解釋實驗現象，預測理論結果中起着關鍵作用，對於研究分子的學科，無論從事哪個領域的研究，理解並實踐分子模擬都夠增強你對
2020-06-15 16:21:20
原创 Amber中對體系的距離角度和二面角加以限制
產生NMR的限制： 在使用加限制的PDB文件時，文件中的結構必須包含H原子，如果不包含可以使用命令： ambpdb -aatm -p prmtop < inprcd > amb.pdb 做此步的目的是保留正確的原子序號. 1.距
2020-05-25 21:46:51
原创 COMSOL求解常微分方程
COMSOL Multiphysics多物理場仿真軟件也提供了求救常微分方程（ODE）和偏微分方程（PDE）的接口,下面詳細介紹一下。 （1）建立模型，選擇模型嚮導–>零維–>數學–>全局常微分和微分代數方程(ge)，選擇研究，選
2020-05-25 21:46:51
原创 分子對接軟件大比拼
文獻報道過的或者沒報道過的分子對接軟件有很多，很多最初都是由實驗室開發，免費發佈。當軟件很完善，沒有什麼缺陷時，可能會被專門的商業軟件公司購買，就變成了某個大型軟件包中的模塊。 其實不止分子對接軟件，其他還有藥效團軟件、定量構效關
2020-05-22 00:09:22
原创 分子對接軟件大比拼
文獻報道過的或者沒報道過的分子對接軟件有很多，很多最初都是由實驗室開發，免費發佈。當軟件很完善，沒有什麼缺陷時，可能會被專門的商業軟件公司購買，就變成了某個大型軟件包中的模塊。 其實不止分子對接軟件，其他還有藥效團軟件、定量構效關
2020-05-22 00:09:22
原创 溫度與量子化學、分子動力學的關係
溫度的本質，是分子、原子的內部振動的動能，以及整體的平移運動的動能。溫度越高，振動越劇烈，平移運動的速度也越快。當然有平移的運動，就有分子間的撞擊，這種撞擊，既改變兩個分子的平移運動的速度，也改變兩個分子內部振動。正是通過這種方式
2020-05-22 00:09:22
原创 Gromacs分子動力學模擬流程概述
Gromacs分子動力學模擬主要可以分爲以下幾個步驟，不同的體系步驟可能略有不同。 在開始之前，先簡單瞭解一下預平衡： 分子動力學模擬的最終目的是對體系進行抽樣，然後計算體系的能量，各種化學鍵，成分分析等等。打個比方說，我們有一個
2020-05-22 00:09:22
原创 Python機器學習應用 | 基於聚類的“圖像分割”
1 圖像分割 1、圖像分割：利用圖像的灰度、顏色、紋理、形狀等特徵，把圖像分成若干個互不重疊的區域，並使這些特徵在同一區域內呈現相似性，在不同的區域之間存在明顯的差異性。然後就可以將分割的圖像中具有獨特性質的區域提取出來用於不同的
2020-05-19 23:45:44
原创 計算分子動力學模擬軌跡contact-map概率，並繪製熱圖
1.將矩陣文件處理成一個文件2.將多個矩陣讀入到一個列表sunmata中，且列表的每一個值爲矩陣每一行3.把sumdata列表中的元素以0/1寫入squ列表中4.把suq列表中元素按一個矩陣爲單位寫入v列表5.列表轉化成矩陣，並求
2020-05-19 23:45:44
原创 使用comsol軟件，計算線圈直流電阻、直流電感、互感
使用comsol軟件，計算線圈直流電阻、直流電感、損耗 參考“單匝線圈中的互感和感應電流”、“多匝線圈中的互感和感應電流”“電感器三維建模” 1 幾何建模 2 材料設置 3 物理場接口 4 研究設置 5 結果後處理 1 幾何建模
2020-05-15 14:42:38
6
原创 在ABAQUS中使用修正DPC模型
修正Drucker-Prager蓋帽模型（簡稱修正DPC模型）和修正劍橋（簡稱MCC模型）在岩土領域廣泛使用，而修正DPC模型應用更加廣，應用於描述存在大體積應變的材料力學行爲。它在線性Drucker-Prager模型上增加了一個
2020-05-15 14:42:38
原创 什麼是高性能計算，涉及哪些技術和知識呢？
什麼是高性能計算，涉及哪些技術和知識呢？ 高性能計算(High performance computing) 指通常使用很多處理器(作爲單個機器的一部分)或者某一集羣中組織的幾臺計算機(作爲單個計算資源操作)的計算系統和環境。高性
2020-05-15 14:42:28
原创 Matlab-python-ABAQUS數據交互及聯合使用
在Matlab可以方便地實現各種優化算法，ABAQUS可以方便地進行有限元建模及求解，有時候兩者結合可以更方便做一些自己想做的事，例如通過遺傳算法，神經網絡等算法進行參數反演，確定本構模型的參數。ABAQUS/CAE的內核語言是P
2020-05-15 14:42:28
原创 Fluent 全流程求解多孔介質算例
今天第一次嘗試了CFD模擬的全流程操作：從幾何創建-前處理-求解-後處理的整個過程。感覺過程沒有想象中的那麼複雜，但是對一些細小的設置問題還是比較困擾的，希望在今後的學習中加以強化。 首先本算例是基於流沙老師的CFD之道的相關資料
2020-05-15 14:42:28