AMMI模型雙標圖怎麼看？

0. AMMI模型定義

AMMI的全稱：效可加互作可乘（Additive main multiplicative interaction, AMMI）。

AMMI通過從加性模型的殘差中分離模型誤差和干擾，提高估計的準確度。並且藉助於雙標圖可以更直觀的描述和分析基因型與環境互作模式。

公式：

$y_{ijl} = \mu + G_i + E_j + \sum\lambda_{k}\alpha_{ik}\gamma_{jk} + e_{ijl}$

這裏，AMMI模型將GbyE分分解爲$\sum\lambda_{k}\alpha_{ik}\gamma_{jk}$

1. 主成分意義

參考：
https://www.slideshare.net/BalajiThorat/ammi-model-for-stability-analysis

AMMI分析中，將GbyE分爲很多主成分，一般分析時使用PC1和PC2。

注意， 只有AMMI模型中PC1和PC2達到顯著，AMMI模型分析纔有意義。

1.1 PC1

一般來說，PC1是品種與環境互作中，品種對環境的響應比例，可以理解爲互作中環境的影響。

1.2 PC2

PC2代表品種與環境互作中，可以理解爲互作中不屬於環境影響的那一部分。

2. AMMI模型的兩個圖

AMMI模型分析中，一般做兩個圖：PC1 VS Means 和PC1 VS PC2。

2.1 PC1 VS Means

這裏X座標爲品種的觀測值（產量），Y座標爲

• 品種越靠右，說明品種產量越高
• 地點越靠右，說明地點平均產量越高
• 品種的y值越高或越低，說明互作效應越強
• 品種或地點的PC1分數越接近於0，說明互作效應越小
• 品種與地點越接近，說明品種在該地點適應性較好

2.2 PC1 VS PC2

這裏X座標爲PC1，Y座標爲PC2，通過這個圖，綜合考察基因與環境互作。

這個圖，描述的是基因與環境互作，但是沒有考慮到G，只是顯示的GbyE，GGE雙標圖的出現，考察基因與環境互作，GGE更好。