從MATLAB應用特點詳解科學計算工作站硬件配置(依據數據規模大小劃分)

一.MATLAB應用軟件介紹


MATLAB是一種科學計算軟件,專門以矩陣的形式處理數據。MATLAB將高性能的數值計算和可視化集成在一起,並提供了大量的內置函數,從而被廣泛地應用於科學計算、控制系統、信息處理等領域的分析、仿真和設計工作,而且利用MATLAB產品的開放式結構,可以非常容易地對MATLAB的功能進行擴充,從而不斷深化對問題認識,更多提升MATLAB產品應用範圍。

MATLAB產品廣泛應用於各個行業,典型應用:

1 數值分析、數值和符號計算、工程與科學繪圖

 


2 控制系統的設計與仿真

 


3 數字圖像處理

 


4 通訊系統設計與仿真



財務與金融工程



二.MATLAB並行計算功能特點與硬件配置分解

隨着科學計算的應用面擴大和深入,MATLAB的計算量越來越大,同時基於X86架構計算機多核並行計算技術成熟,MATLAB通過支持並行計算工具箱和分佈式集羣計算方式,完美藉助多核架構的圖形工作站和分佈式集羣的並行計算,大幅提升科學計算的效能。
 

2.1 MATLAB的並行計算介紹

對工作站的並行計算支持

MATLAB利用 Parallel ComputingToolbox,可以使用多核處理器、GPU 以及計算機集羣來解決運算和數據密集型問題。循環並行化 (parallel for-loops)、特殊數組類型以及並行數值算法等高級結構讓您實現 MATLAB 應用程序的並行化,而無需進行 CUDA MPI 編程。可以使用 Simulink 工具箱並行運行一個模型的多個仿真。

工具箱提供用於在多核臺式機上本地執行應用程序的12workerMATLAB 計算引擎)無需更改代碼。


對分佈式集羣並行科學計算支持

藉助MATLABDistributed Computing Server在計算機集羣或網格計算服務上運行同一個應用程序。此外,還可以交互式執行或在成批執行並行應用程序。
 

主要功能

循環並行化 (parfor) - 用於在多處理器上並行運行任務的算法

支持啓用了 CUDA NVIDIA GPU

可在一個多核桌面上本地運行十二個 worker

通過 MATLAB Distributed Computing Server 可支持計算機集羣和網格

並行應用程序的交互和批量執行

分佈式數組和單程序多數據 (spmd) 結構 - 用於大型數據集處理和數據並行算法

 

2.2工作站硬件配置與科學計算分解

矩陣式求解代數方程組過程中,矩陣規模的大小涉及到佔用內存的多少,數據量和算法涉及到CPU的核數和頻率,數據存儲和讀取對矩陣存儲的硬盤I/O有要求,在很大程度上影響了計算的速度.是加速矩量法計算的關鍵,典型計算機配置的每一個配件對MATLAB性能有不同表現。

CPU---有更多CPU核心的計算機比和數量少的有更好的表現,但是結果隨着MATLAB應用而不同,MATLAB自動使用多線程,在很多MATLAB應用中,以探索自然並行,但是不是所有MATLAB功能都是多線程的, 加速隨着算法有所不同, 作爲可選能力,Parallel Computing Toolbox提供並行程序結構,更多直接覆蓋計算機多核,虛擬核很明顯改善整個系統的性能,但是它對MATLAB應用的性能表現影響很小。

內存---內存容量在計算過程承載數據計算過程所有中間數據保存,如果存儲容量不夠,就會出現數據溢出,計算無法繼續,不同數據量的求解對內存有一定要求,內存容量、CPU-內存通道數目、內存的頻率都是對計算有影響的。

 硬盤---硬盤I/O帶寬涉及數據讀寫和虛擬內存的性能,對於數據密集型計算和大型圖像處理,硬盤容量和帶寬極其重要。

 圖卡---目前僅限支持Nvidia CUDA架構爲主,MATLAB圖形渲染靠的是CPU不是GPU,圖卡主要負責正常的圖形顯示,以及支持GPU架構的並行計算應用,這種GPU並行計算主要是圖像處理方面(需要安裝ParallelComputing Toolbox

 

2.3工作站配置原則

1.內存配置:通常,矩陣計算的數據量和內存比例1:3,例如2GB數據,內存建議6GB以上。

2. CPU配置:內存確定後,一般和CPU核數比例是 4:1,例如:16GB內存以內,CPU用單顆4.

3. 圖卡配置:如果是基於圖像處理應用,最好提供支持1~4GPU計算,保證足夠的數據量。

4. 硬盤配置:對於數據量規模小的應用,SATA接口就可以,如果數據量大,硬盤容量和轉速相應提升,讀寫帶寬也就越大,如數據量非常大,可以使用高速硬盤加高性能陣列,提升硬盤I/O帶寬。


三.MATLAB科學計算工作站配置方案

Ultralab定製圖形工作站是當今市場唯一能提供塔式、超級、機架、便攜、特種等圖形工作站全方面解決方案的品牌。擁有完整、完美、可靠、靜音的高性能工作站全套產品系列,爲行業用戶在高性能計算、CAD/CAM/CAE、圖形圖像處理、虛擬仿真、三維動畫、視頻編輯等應用提供強勁、高效的定製專業級圖形工作站。

Ultralab定製圖形工作站將MATLAB應用軟件結合最新計算機硬件技術,基於數據規模和軟件應用特點劃分配置方案,從而達到合理高效能完成科學計算。

科學計算工作站根據數據規模劃分:

1.小規模科學計算解決方案

定位: 數據量在1~10GB以內規模, 支持4~8worker運算


參考配置:

方案1 入門級圖形工作站

提供四核CPU架構的計算解決方案
型號 UltraLAB H360/H370

硬件配置規格

No

類別

技術規格

 

機型

UltraLAB H360

UltraLAB H370

1

CPU

Intel第七代超高頻處理器

(Kabylake架構)

4核4.8~5.2GHz

Intel第八代超高頻處理器

(Coffelake架構)

6核4.7~5.0GHz

2

芯片組

Intel Z270+PCH

Intel Z370+PCH

3

內存槽/

通道數

最大容量

4根/雙通道

雙通道

64GB DDR4-2400

4根

雙通道

64GB DDR4-2666

4

顯卡

類型:專業圖卡、遊戲卡、GPU超算卡

數量:最大2塊,

接口:Pcie 16x 3.0

圖形功能:支持圖形生成加速、mosaic合成

5

硬盤

5.1系統盤

類型1:M.2 SSD,PCIe 4x接口,單盤最大容量2TB

類型2:SSD,SATA 6Gbps接口,單盤最大容量4TB

5.2數據盤

類型1:SATA,數量5個,最大50TB

類型2:SAS,數量8個,支持32TB

6

光驅

DVD(刻錄機)或藍光DVD(刻錄機)

7

平臺

箱體:塔式(立式)

尺寸:深度553mm,寬度198mm,高度425mm 

電源:750w ,金牌

硬盤位:4個3.5”,3個5.25”

PCI擴展槽:2*PCIe 16X 3.0,1*PCIe 4X 3.0,3*PCIe 1X 3.0

IO端口:2個USB 3.0,4個USB 2.0,2個USB 3.1

intel千兆以太,8聲道音頻

前置輸出端口:2個USB 2.0

8

硬件系統優化

(1)  CPU自動超頻加速

(2)  高性能低延遲加速

9

擴展能力

(1)  CPU+GPU異構計算架構

(2)  圖形生成架構

(3)  系統盤高io、高帶寬架構

(4)  高io並行存儲架構

10

顯示器

可選,分辨率:高清、2K、4K

11

操作系統與虛擬系統

支持Windows7/8/10個人版

支持Windows Server 2008/2012/2016企業版

支持 Linux 全系列(Redhat、Ubuntu、Centos等)

12

噪音控制

基於辦公環境,滿負荷計算,噪音低於45分貝

 

方案2 高性價比圖形工作站

提供8~18CPU架構的計算解決方案

型號 UltraLAB H490

硬件配置規格:


類別

技術規格

1

CPU

Intel 第七代至尊處理器

(Kabylake-X架構)

數量 1顆,核數4~18個

選擇1:8核4.8Ghz , 8MBL2緩存,11MBL3緩存

選擇2:10核4.7Ghz, 10MBL2緩存,13.75MBL3緩存

選擇3:12核4.6Ghz, 12MBL2緩存,16.5MBL3緩存

選擇4:14核4.5Ghz, 14MBL2緩存,19.25MBL3緩存

選擇5:16核4.5Ghz, 16MBL2緩存,22MBL3緩存

選擇6:18核4.5Ghz, 18MBL2緩存,24.75MBL3緩存

2

芯片組

Intel X299+PCH

3

內存槽/

通道數

最大容量

8根

4通道

512GB DDR4-2666 Reg ECC

4

專業圖卡

類型:專業圖卡、遊戲卡、GPU超算卡

數量:最大5塊,

接口:Pcie 16x 3.0

圖形功能:支持圖形生成加速、mosaic合成

5

硬盤

5.1系統盤

類型1:M.2 SSD,PCIe 4x接口,單盤最大容量2TB

類型2:SSD SATA 6Gbps接口,單盤最大容量4TB

5.2數據盤

類型1:SATA,數量5個,最大50TB

類型2:SAS,數量8個,支持32TB

6

光驅

DVD(刻錄機)或藍光DVD(刻錄機)

7

平臺

箱體:塔式(立式)

尺寸: 深度525.3mm,寬度193mm,高度424mm

電源:865w ,金牌

硬盤位:4個3.5”,3個5.25”

PCI擴展槽:5*PCIe 16X

IO端口:2個USB 3.1G2,6個USB 3.1,intel千兆以太,8聲道音頻

前置端口:2個USB 2.0

8

硬件系統優化

(1)  CPU自動超頻加速

(2)  高性能低延遲加速

9

擴展能力

(1)  CPU+GPU異構計算架構

(2)  圖形生成架構

(3)  系統盤高io、高帶寬架構

(4)  高io並行存儲架構

10

顯示器

可選,支分辨率:高清、2K、4K

11

操作系統

支持Windows7/8/10個人版

支持Windows Server 2008/2012/2016企業版

支持 Linux 全系列(Redhat、Ubuntu、Centos等)

支持虛擬、私有云、共享圖形服務系統

12

噪音控制

基於辦公環境,滿負荷計算,噪音低於45分貝

 

2.中等規模科學計算解決方案

定位於數據量在10~30GB以內科學計算規模, 支持8~12worker運算,支持GPU架構擴展


參考配置:

方案3 全能型圖形工作站

提供20~56CPU架構的計算解決方案

型號 UltraLAB EX620i

產品配置規格

No

類別

技術規格

1

CPU

型號:Xeon可擴展處理器系列

數量 2顆,核數20~56個

2

芯片組

Intel  C621+PCH

3

內存槽/

通道數

最大容量

16根

12通道

1TB DDR4-2666 Reg ECC

4

專業圖卡

類型:專業圖卡、遊戲卡、GPU超算卡

數量:最大4塊,

接口:Pcie 16x 3.0

圖形功能:支持圖形生成加速、mosaic合成

5

硬盤

5.1系統盤

類型1:M.2 SSD,PCIe 4x接口,單盤最大容量2TB

類型2:SSD,SATA 6Gbps接口,單盤最大容量4TB

5.2數據盤

類型1:SATA,數量8個,最大80TB

類型2:SSD,數量8個,支持32TB

6

光驅

DVD(刻錄機)或藍光DVD(刻錄機)

7

平臺

箱體:塔式、機架式兩用

尺寸:深度648mm,寬度178mm,高度452mm

電源:1200w,金牌

硬盤位:8個3.5”熱插拔,3個5.25”

PCI擴展槽:4*PCIe 16X,2*PCIe 8x

IO端口:2個USB 3.1,4個USB 3.1,2個USB 3.0,雙intel千兆以太,8聲道音頻

前置端口:2個USB 2.0

8

硬件系統優化

(1)  CPU自動超頻加速

(2)  高性能低延遲加速

(3)  高IO並行存儲加速

9

擴展能力

(1)  CPU+GPU異構計算架構

(2)  系統盤高io、高帶寬架構

10

顯示器

可選,支持分辨率:高清、2K、4K

11

操作系統

支持Windows 7/8/10個人版

支持Windows Server 2008/2012/2016企業版

支持 Linux全系列(Redhat、Ubuntu、Centos等)

支持虛擬、私有云、共享圖形服務系統

12

噪音控制

基於辦公環境,滿負荷計算,噪音低於45分貝

 

方案4 圖形圖像型工作站

提供基於CPU+GPU架構的計算解決方案

型號 UltraLAB H610

產品配置規格

配備2顆最新intel  Haswell架構的Xeon E5 2600v4處理器、Nvidia 圖卡、高I/O的企業級SSD,提供多種pcie 3.0 16x/8x/4x接口,配置規格:

No

類別

規格

1

CPU

2顆Xeon E5 2600v4系列(Broadwell-EP核心,最大44核)

支持自動超頻加速, 最高頻率達3.68Ghz

2

芯片組

Intel C612+PCH Chipset

3

內存

內存槽/最大容量:16根/512GB DDR4 2400 Reg ECC

4

硬盤

系統盤:M.2 4X接口,最大容量512GB,
SATA-SSD 6Gbps接口,最大容量2TB
數據盤:SATA 6Gbps接口,4個3.5”盤位,最大32TB
支持高速並行讀寫系統

5

專業圖卡

Nvidia Quadro 或ATI Firepro全系列

6

光驅

DVD(刻錄機)或藍光DVD(刻錄機)

7

網絡端口

雙千兆intel芯片,支持IO/AT加速,支持匯聚功能

8

擴展接口

分類

PCIe 16X 3.0

PCIe 8X 3.0

PCIe 4X 2.0

PCI-X

PCI

3

2

1

9

機箱電源

塔式,900W

10

顯示器

可選

12

操作系統

支持Windows 2008、2012, Window7、8  32/64bits

支持 Redhat linux, Suse Linux 32/64bits等等

 

3.大規模科學計算解決方案

定位於數據量在30~70GB以內科學計算規模, 支持12worker運算,支持雙GPU架構並行計算擴展,配備海量高速硬盤。


參考配置:

方案5 超級圖形工作站

提供基於超強CPU+GPU+I/O的計算解決方案

型號 UltraLAB Alpha720

Alpha720完美滿足需要超多CPU核數、海量內存架構的高性能計算應用,爲超大規模科學計算、有限元仿真、分子模擬計算、海量圖像處理、大數據挖掘與分析、共享圖形服務器系統等高端應用,海量數據級的超大規模科學與工程仿真、圖像處理的超級圖形工作站,同時具有綠色環境要求的靜音、低輻射。

產品配置規格

No

類別

技術規格

1

CPU

Xeon E7 v3/ v4系列

數量 4顆,核數64、72個、96個,

支持CPU自動睿頻加速, 最高頻率達2.9Ghz

最高浮點計算速度3.8Tflops

2

芯片組

Intel  C602J+PCH(雙QPI架構)

3

內存槽/

通道數

最大容量

32根

16通道

2TB DDR4-2133 Reg ECC

4

專業圖卡

類型:專業圖卡、遊戲卡、GPU超算卡

數量:最大2塊,

接口:Pcie 16x 3.0

圖形功能:支持圖形生成加速、mosaic合成

5

硬盤

5.1系統盤

類型1:M.2 SSD,PCIe 4x接口,單盤最大容量2TB

類型2:SSD,SATA 6Gbps接口,單盤最大容量4TB

5.2數據盤

類型1:SATA,數量16個,最大160TB

類型2:SSD,數量16個,支持64TB

6

光驅

DVD(刻錄機)或藍光DVD(刻錄機)

7

平臺

箱體:雙塔式

尺寸:深度572mm,寬度405mm,高度628mm

電源:1700w,金牌

硬盤位:16個3.5”,3個5.25”

PCI擴展槽:2*PCIe 16X,2*PCIe 8x

IO端口:前置輸出:4個USB 2.0,後置輸出:3個USB 2.0,雙intel千兆以太,8聲道音頻

8

硬件系統優化

(1)  CPU自動超頻加速

(2)  高性能低延遲加速

(3)  高IO並行存儲加速

9

擴展能力

(1)  CPU+GPU異構計算架構

(2)  系統盤高io、高帶寬架構

10

顯示器

可選,支持分辨率:高清、2K、4K

11

操作系統

支持Windows 7/8/10個人版

支持Windows Server 2008/2012/2016企業版

支持 Linux全系列(Redhat、Ubuntu、Centos等)

支持虛擬、私有云、共享圖形服務系統

12

噪音控制

基於辦公環境,滿負荷計算,噪音低於45分貝

 

 4. 超大規模科學計算解決方案

定位:數據量在100GB以上科學計算規模

 

參考配置:

方案6 超級科學與工程計算工作站

四顆Xeon E7 v4(最高96核、192線程)處理器、雙GPU超算、雙通道高速並行存儲
配置規格

No

類別

技術規格

1

CPU

4顆Xeon E7 v3/v4系列(最高96核)

2

芯片組

Intel C602J+PCH Chipset

3

內存

內存槽:32根

最大容量:2TB DDR4 1866 Reg ECC

4

系統盤

系統盤:SATA-SSD 6Gbps或Pcie 4x接口,最大容量2TB

 

數據盤

海量高速並行存儲系統(16個3.5”盤位,最大200TB,RAID5冗餘)
主要特點:雙通道,8GB緩存,io峯值雙向20GB/s,和內存等速

5

專業圖卡

專業圖形顯卡、GPU超算卡
數量:2塊(雙槽卡),接口:2*Pcie 16x 3.0
支持GPU圖形生成
支持GPU超算(單精度8.7Glops雙精度2.9Tflops)

6

光驅

DVD(刻錄機)或藍光DVD(刻錄機)

7

網絡端口

雙intel千兆/萬兆以太芯片,支持IO/AT加速,支持匯聚功能

8

擴展接口

分類

PCIe 16X 3.0

PCIe 8X 3.0

PCIe 4X

PCI-X

PCI

 

2

 2

 

 

 

9

機箱電源

雙塔式,1700W ,靜音級

10

顯示器

可選

11

鍵盤鼠標

可選

12

操作系統

支持Windows 2008 /2012 64bits

支持 Redhat linux, Suse Linux 64bits等等

 

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